Hlavní stránka Fóra Forum pro soutěžící SOČ 42. celostátní přehlídka ONLINE 42. CP SOČ online – obor 04 biologie Odpověď na téma: 42. CP SOČ online – obor 04 biologie

#24712
L. Falteisek
Host

Práce má klasickou formu “diplomky”, úvod je poměrně pečlivý, až moc odbíhá od tématu mikrobiomu ptačího embrya k lidským chorobám. Text je psaný poněkud horkou jehlou s nešikovnými formulacemi, kontaminací anglickými slovy (např. Germany místo Německo), někdy s nevhodným laboratorním žargonem (“odebráno do RNA lateru”; “výzkum biologie sýkory” – sýkory samozřejmě nemají biologii, ale chovají se, rozmnožují, interagují apod.; totéž: “má vliv na fyziologii” – lépe na funkci, …).

Zdá se, že autorka zcela neporozumněla všem metodám. Např. opakovaně hovoří o tom, že výsledek PCR byl ovlivněn specifitou polymerázy místo primerů. Zřejmě zapříčiněno tím, že různě specifické sady primeů byly používány se 2 polymerázami s různou schopností proofreadingu.

Výsledky jsou příliš stručné, chybí i základní popisné údaje (např. počet sekvencí), též tabulka OTU by byla užitečná alespoň v příloze, i když byly vzorky kontaminované. Není úplně jasné, které kroky dělala autorka a které školitel (např. determinace OTU v programu DADA2). Charakterizace nalezených OTU je pečlivá, sice obsahuje i obsoletní dělení bakterií podle Gramova barvení, ale to je bohužel stále ještě běžná praxe. Diskuse odpovídá tomu, že bohužel skoro nebylo co diskutovat, což není vina autorky. Naopak vyzdvihuji snahu nepřeinterpretovávat výsledky.

Některé nedostatky je nutné vytknout školiteli. Především jde o dost nevhodnou volbu NGS na řešení problému, zda je vejce sterilní nebo ne. Podobně design zaměřený na velký počet čerstvě snesených vajec není vhodný pro rozlišení nabízených hypotéz (kolonizace ve vejcovodu vs. skrz skořápku), lepší by bylo např. porovnání vajec různého stáří, popř. bílku a embrya.

Průměrná až lehce nadprůměrná práce, řešitelka jí jistě věnovala značné úsilí, design studie je dost poznamenán výběrem metody asi ne zcela zkušeným školitelem (přinejmenším v oboru NGS), který práci patrně výrazně vedl.