Hlavní stránka › Fóra › Forum pro soutěžící SOČ › 42. celostátní přehlídka ONLINE › 42. CP SOČ online – obor 04 biologie › Odpověď na téma: 42. CP SOČ online – obor 04 biologie
1) Nevím, jestli úplně rozumím. Chápu to tak, že se ví, kam se váže glutamát, ale neví, jak se váže virový glykoprotein.
1a) Tím blízko myslíte blízko sekvenčně (souhlasím), nebo prostorově (s tím už souhlasím o dost míň).
1b) Co vás vede k tomu ten chvostík asi dvaceti aminokyselin nazývat doménou?
2) Ano, to je ono, ale trochu Vás opravím. 6YS je nějaký inhibitor, tedy předpokládám, že je v místě vazby glutamátu, a je to opravdu „ligand“. Tušíte, co je to ten NAG?
3) Ano, dostáváme se, kam chci. Vy totiž máte u těch alignmentů jiné podmínky. Geneiousu předhazujete celou sekvenci lidského receptoru z databáze, zatímco servery si berou sekvenci z pdb souboru, kde chybí rezidua 111-132 (mimo jiné, zkuste si pdb soubor otevřít v textovém editoru a vyhledejte frázi „MISSING RESIDUES“). Servery si tyto chybějící ak zjevně nevytáhnou a tím vznikne mezera v sekvenci, což je při alignmentu skoro vždycky zdroj problémů.
