Odpověď na téma: 42. CP SOČ online – obor 04 biologie

[Dominika Soukupová]

Dobrý den,

1. Zástupci kmene Protebacteria (např. Salmonella) a Firmicutes (např. Clostridia) jsou často bakterie přizpůsobené pro život ve střevě, proto je pravděpodobné, že se budou vyskytovat u organismů, které mají vyvinutý gastrointestinální trakt, aniž by odkazovali na vývojovou příbuznost.

2. Metoda sekvenování nové generace je v současné době jednou z nejkvalitnějších metod pro zjištění přítomnosti bakterií i v nízké koncentraci, na druhou stranu i tato koncentrace má svou hranici. Pokud je koncentrace bakterií v prostředí příliš malá, tak nemusí dosáhnout prahu citlivosti této metody, tudíž ačkoliv by se zde nějaké bakterie mohly vyskytovat, tak je metoda nezaznamená. Další nevýhodou je, že pokud se předpokládá nízká koncentrace bakterií, tak se zvýší počet cyklů při amplifikaci a může docházet k chybám, např. dimerizacím primeru. Tedy pokud by bylo prostředí sterilní (jako tomu je v případě negativní kontroly) může se stát, že vzorek bude vykazovat nalezené sekvence.

3. Toto téma se zkoumá například v oblasti výzkumu antimikrobiálních peptidů v bílku. Jak říkáte, v nějakých případech opravdu dochází k přemnožení, což zapřičiní mortalitu embrya a následně zkažení vajíčka. Já jsem ve své práci měla záměr zkoumat i přítomnost bakterií, které by teoreticky mohly mít příznivý vliv na založení mikrobiomu. Ovšem počet nalezených bakterií byl tak nízký, že by se jen těžko vyvozovaly nějaké závěry, proto jsem se zaměřila spíše na potenciálně patogenní bakterie, o kterých je známá jejich patogenita, a i to je důležité v oblasti zdraví jedince. Na mou část výzkumu navazuje výzkum, kdy se sekvenoval vzorek ze střev embryií. Nalezené bakterie si odpovídali se svými technickými duplikáty, ale, bohužel, si neodpovídají s bakteriemi nalezenými v bílku. Dalším limitujícím faktorem je, že nevíme, zda nalezené bakterie v embryích byly živé, nebo již mrtvé. Obranný mechanismus „jak“ se bakterie dokáže dostat přes všechny bílkové nástrahy, bohužel, neznám, mohlo by se jednat například o speciální odolná pouzdra, enzymy nebo látky blokující aktivitu antimikrobiálních peptidů.