Odpověď na téma: 42. CP SOČ online – obor 04 biologie

[Anna Hýsková]

Dobrý den, moc děkuju za Vaše dotazy, pokusím se odpovědět na ně co nejlépe.

1. Ve své práci jsem používala rajče jedlé z několika důvodů. Je to nenáročná rostlina, se kterou se v laboratoři dobře pracuje, což bylo zvlášť výhodné na začátku výzkumu, kdy jsem se učila všechny metody práce s rostlinami in vitro. V naší laboratoři se navíc rajčata pro výzkum běžně používají a většina metod je již pro tuto rostlinu optimalizovaná. Další výhodou je to, že rajče je často zkoumaná rostlina, máme dostatek informací o jejím genomu a není problém sehnat semínka pro genotyp s požadovanou mutací.
Náhrada rajčete za jinou rostlinu by na výsledky výzkumu určitě měla vliv. Všechny rostliny totiž nemají stejnou sadu fotoreceptorů (např. PhyB1, na který jsem se ve výzkumu zaměřila, je pro rajče specifický, třeba Arabidopsis jej nemá) a různé procesy v nich mohou probíhat s různými odlišnostmi. Navíc i různé kultivary rajčete, které jsem používala, vykazovaly mírně odlišné výsledky, je tedy pravděpodobné, že výzkum tohoto mechanismu na jiném druhu by mohl přinést jiné výstupy.

2. Největší problémy jsem měla s optimalizací přípravy vzorků na RT-PCR, použitých housekeeping genů a primerů.
Nejprve bylo třeba upravit množství nadrcených hypokotylů, ze kterých byla RNA extrahována. Původní množství 100 mg jsem musela zvýšit až na 250 mg, aby byla koncentrace extrahované celkové RNA dostatečná.
Dalším problémem byla správná volba housekeeping genů. Původně používaný gen EF-α byl totiž v rostlinách rostoucích v různých světelných podmínkách exprimován rozdílně, z toho důvodu jsem jej vyměnila za gen GAPDH, jehož exprese byla mnohem stabilnější.
Asi největší komplikací byl primer pro původně zvolený gen SlLAX5, který byl buď špatně navržen nebo špatně vyroben a při RT-PCR téměř nedocházelo k amplifikaci zvoleného genu. To, že byl problém s primerem (a nikoliv se vzorkem) potvrzovala i křivka tání, která neměla žádný specifický produkt a mnoho produktů nespecifických. Proto jsem místo výzkumu genu SlLAX5 nakonec zvolila gen SlLAX4, jehož exprese je v hypokotylech rajčat také velmi vysoká.

3. Já osobně bych ráda pokračovala ve výzkumu transportu auxinu právě na rostlinách rajčete jedlého. Studiem transportu auxinu pomocí radioaktivního značení bych totiž mohla navázat na svůj dosavadní výzkum a zjistit další podrobnosti, které by mohly vysvětlit nejen výsledky této práce, ale také práce loňské, a zároveň by pomohly objastnit některé odlišnosti ve výstupech obou částí mého výzkumu.