Odpověď na téma: 42. CP SOČ online – obor 04 biologie

[Vítězslav Havlíček]

Dobrý den, vážená poroto,
mé odpovědi na položené otázky jsou:

1. To, jak se virový glykoprotein RABV k receptoru váže, je známo. U ostatních lyssavirů je ovšem situace komplikovanější, protože se k receptoru mohou vázat odlišně. O vazbě RABV k receptoru víme, že glykoprotein trimerizuje, což je pro jeho vazbu na receptory velmi podstatné. O sacharidové struktuře Gp víme, že je N-glykosylovaný na 56., 266. a 338. aminokyselinovém reziduu.

2. Na prohlížení struktury 5KZQ jsem použil online implementovaný nástroj JSmol. Struktura obsahuje například uspořádání atomů receptoru, vodíkové vazby mezi jednotlivými atomy, karbohydráty nebo ligandy. Můžeme z ní také vyčíst místa glykosilace apod.

3. Geneious nemá s alignmentem okolo ak 116 takový problém, protože se nezabývá jeho strukturním alignmentem. Naopak u modelovacích serverů se jedná především o strukturní alignmenty. Možné problémy se mohly vyskytnout kvůli chybějícím částí templátů nebo variabilním sítím.

Děkuji za dotazy.
Vítězslav Havlíček