Odpověď na téma: 42. CP SOČ online – obor 03 chemie

[Filip Bureš]

Bernhardová Hana – Strukturní a biochemická analýza halogenalkandehalogenasy DmmA.

Videoprezentace: https://www.youtube.com/watch?v=xPrQWCbMBqo

Otázky poroty:
1. Proč halogenalkandehalogenasy nedokáží štěpit vazbu C-F?
2. Dle jakého klíče byly vybírány ligandy/laktony pro ko-krystalyzace s DmmA?
3. Jakým způsobem se provádí manuální rafinace (refinement) struktury krystalu? (str. 25)
4. Z krystalografické studie vyplynulo, že derivát DmmA-H315F krystalizuje jako monomer, ale po „bližším prozkoumání“ vyplynulo, že se jedná o „dokonale prostorově souměrný dimer“. Jak se takové bližší zkoumání provádí? (str. 60)
5. Ve videoprezentaci uvádíte, že halogenalkandehydrogenázy se využívají i k dekontaminaci. V případě jakých kontaminací je vhodné volit tyto enzymy a jaká je jejich hlavní konkurenční výhoda oproti zavedeným dekontaminačním mechanizmům?
6. Uvádíte, že v rámci práce se podařilo (krom jiného) „optimalizovat metodiku pro rekombinantní produkci, purifikaci a krystalizaci halogenalkandehalogenasy DmmA“. Jaké bylo hlavní optimalizační kritérium?
7. Dehalogenázová aktivita je poměrně obecná pro nejrůznější halogenderiváty. Nicméně, stérické nároky různých organických halogenderivátů jsou různé. V konzervované katalytické pentáze jsou navíc přítomny spíše hydrofilní aminokyseliny, které by neměly mít velkou afinitu k samotným vstupním halogenderivátům, ale spíše stabilizují produkty hydrolýzy. Lze zobecnit, jakým způsobem (ze stereochemického hlediska) se do aktivního centra enzymu váže hydrolyzovaný substrát?