Hlavní stránka › Fóra › Forum pro soutěžící SOČ › Obhajoby – Zlínský › 42 – kraj ZL – obory 04, 07, 08 › Odpověď na téma: 42 – kraj ZL – obory 04, 07, 08
Dobrý den,
moc děkuji za vaše dotazy, pokusím se na ně odpovědět co nejlépe.
1) Slovo „vortex“ znamená v angličtině „vír“ a mezi vědci se tento výraz vžil jako označení pro jednoduchý přístroj používaný pro míchání malých objemů roztoků v mikrozkumavkách. Uvnitř přístroje je elektromotor, který roztáčí gumový kalíšek zvolenou rychlostí (já jsem používala cca 1600 otáček za minutu). Vortexování vzorku probíhá tak, že se mikrozkumavka se vzorkem přitlačí dnem na dno roztočeného kalíšku vortexu a její obsah je tak homogenizován.
2) Při qRT-PCR bylo použito fluorescenční barvivo SYBR Green. Tato látka se navazuje na jakoukoliv dvouřetězcovou DNA a fluoreskuje pouze v navázaném stavu, díky ní tedy můžeme vyhodnotit množství dvouřetězcové DNA ve vzorku. Při qRT-PCR je možné používat i fluorescenční sondy, které se na rozdíl od SYBR Green vážou pouze na konkrétní sekvenci DNA a díky tomu můžou být přesnější. Výhodou SYBR Green je ale možnost univerzálního použití a nižší cena.
3) Ačkoliv jde o kvantitativní analýzu, přesná hmotnost sklizeného vzorku není důležitá, při homogenizaci vzorku a následné izolaci a přečištění RNA stejně dochází ke ztrátám. Proto jsem měřila až koncentraci získané RNA a ze zjištěných výsledků jsem pak spočítala objem RNA použitý k syntéze cDNA tak, aby cDNA každého vzorku byla syntetizována ze stejného množství RNA.
4) Enantiomery kyseliny abscisové se označují jako S-(+)-ABA a R-(−)-ABA. V přírodě se vyskytuje pouze forma S, a to ve dvou konformačních izomerech cis a trans, které mohou přecházet jeden ve druhý. Fyziologicky aktivní je pouze forma cis. R forma kyseliny abscisové se v přírodě nevyskytuje a je obecně považována za neaktivní.
5) Mě osobně by nejvíc lákalo zkoumání vlivu světla na expresi ostatních genů ze skupin SlLAX a SlPIN jak na úrovni mRNA, tak na úrovni proteinů. Tento výzkum by totiž pomohl objasnit, jak přesně světlo ovlivňuje transport auxinu a které fotoreceptory a přenašeče auxinu jsou při tomto procesu nejdůležitější. Na tyto výsledky by pak mohl případně navazovat aplikovaný výzkum.
6) Dětem v 5. třídě bych princip metody PCR vysvětlovala pomocí obrázků nebo videa, dobrou pomůckou by mohlo být také puzzle. Zde se ale pokusím shrnout PCR slovně:
PCR je metoda, pomocí které můžeme „vyrobit“ spoustu kopií určitého kousku molekuly DNA.
Každá molekula DNA se skládá ze dvou řetízků nukleotidů (které si můžeme představit jako písmenka) a tyto dva řetízky se k sobě přesně hodí, asi jako puzzle. Máme totiž celkem čtyři typy nukleotidů (A, G, C a T). A patří na druhém řetízku vždycky k T, k C patří vždycky G.
PCR se skládá celkem ze tří kroků:
Nejprve DNA zahřejeme a dva řetízky se rozpojí. Po ochlazení se na konec obou řetízků se naváže primer (začátek nového řetízku), který přiláká DNA polymerázu. DNA polymeráza je bílkovina, která má za úkol přiřadit každému písmenku na původním řetízku písmenko, které k němu patří, a vytvořit tak nový řetízek DNA.
Jakmile je nový řetízek hotový, máme úplně nový kousek DNA, který se skládá ze dvou řetízků. Ty můžeme zase zahřát, rozpojit a ke každému vytvořit jeho vlastní nový řetízek. To můžeme opakovat tak dlouho, dokud nemáme kousků DNA dostatek.
