• Toto téma je prázdné.
Aktuálně je na stránce zobrazeno 29 vláken odpovědí
  • Autor
    Příspěvky
    • #20847 Odpovědět
      Petra Procházková
      Host

      Prof. Ing. Jaroslav Kvíčala, CSc. – předseda poroty

      Ing. Tomáš Pekárek, Ph.D.

      Ing. Irena Hoskovcová, CSc.

    • #20924 Odpovědět
      Kateřina Špronglová
      Host

      Netradiční zahájení 42. ročníku SOČ a pozdrav Libora Bezděka, ředitele DDM hl. m. Prahy.https://photos.app.goo.gl/W5Wjy4Jdha4ML1jx7

    • #20941 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      9:00-9:30 Aneta Kahleová, Gymnázium Na Zatlance, Praha 5, Změny fluorescenčního spektra látek po komplexaci do cyklodextrinové kavity pro použití v molekulárních senzorech, https://www.youtube.com/watch?v=-rhH9-of84o

      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.
      Otázky poroty:
      Čím se liší cyklodextriny alfa, beta a gama?
      · Zjišťovala jste, zda nedochází k degradaci látek při různých pH?
      · Nemohou mít pufry vliv na fluorescenční vlastnosti vzorku?
      · Byly všechny studované struktury polyeny s aminoskupinou a Trögerovou bází na jedné straně a benzothiazoliovou solí na druhé straně?
      · Máte představu, jaká část molekuly je v kavitě cyklodextrinu?
      Komentáře: Na obr. 4 není struktura cyklodextrinu
      Není jasné, jak byl využit „Jupyter notebook“

    • #20956 Odpovědět
      Aneta Kahleová
      Host

      1) Cyklodextriny alfa, beta a gama se liší množstvím obsažených glukózových zbytků v kruhu. Cyklodextrin alfa má šest jednotek, beta má sedm a gama má osm.
      2) Cyklodextriny nedegradují a u fluoroforů jsme to nezjišťovali. Jiné struktury by nám ani u jiných pH hodnot nevadily, jelikož jsme srovnávali reakci na cyklodextrin.
      3) Nepochybně mají, nicméně my jsme srovnávali změnu fluorescence v rámci stejného pufru po přidání cyklodextrinu. Chtěli jsme najít prostředí, ve kterém bude fluorofor nejvíce měnit intenzitu záření po přidání cyklodextrinu.
      4) Nebyly. Vítězné látky měly podobnou strukturu, kterou popisujete. Nicméně knihovna látek, kterou jsme použili, obsahovala velmi rozmanité struktury látek.
      5) Zatím to nevíme, vyžadovalo by to další experimenty, které nebyly součástí mé práce.

    • #20960 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, nyní dostane prostor další soutěžící.

    • #20967 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      9:30-10:00 Andrea Lavičková, Masarykova střední škola chemická, Praha 1, Syntéza helicenových derivátů pro přípravu nových chirálních polymerů, https://youtu.be/niC7OVyKiGw
      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.
      Otázky:
      Co bylo podle vašeho názoru příčinou toho, že se nepodařila syntéza podle původní strategie?
      · Uměla byste nakreslit dvojici enantiomerů např. 2-bromhexahelicenu?
      · Budou se enantiomery od sebe lišit reaktivitou (v těch reakcích, které jste dělala)?
      · Podílela jste se na interpretaci výsledků jednotlivých analytických technik, nebo jste je dostala již zpracované?
      · Proč byl pro cross-coupling použit Pd(dba)2 místo běžnějšího Pd2(dba)3?
      · Uvažovali jste použití jiného redukčního činidla pro nitroskupiny (nám se osvědčil chlorid cínatý)

    • #20975 Odpovědět
      Aneta Kahleová
      Host

      Komentáře:
      1) Jsem si vědoma, že na obrázku č. 4 není cyklodextrin. Je to ukázka inkluzního komplexu. V tomto konkértním případě je hostitelská látka makrocyklus s názvem Cucurbit[7]uril.
      2) Jupyter notebook je prostředí, ve kterém byly provedeny analýzy. Použili jsme Google Colab, což je modifikace Jupyter notebooku. Zde je ukazka Google Colab notebooku, ve kterém máme analýzu pro fluorescence Naphthylimidu: https://colab.research.google.com/drive/15mm74eYCWyU3aFd-mytpX1VNiJM0Ofl0

    • #20984 Odpovědět
      Hana Kovářová
      Host

      Produktem glykosylace je směs, která pro nás byla obtížně dělitelná. Proto bychom rády upravily mobilní fázi při chromatografii nebo využily jinou metodu přečištění. Bohužel, nám nevyzbyl čas na uskutečnění dalších experimentů.

      Reakce proběhla, ale požadovaný produkt se nepodařilo identifikovat pomocí 1H NMR ani MS.

      Stabilita látek nebyla ověřena, vzhledem k malým množstvím produktů (maximálně stovky miligramů), které byly následně potřebné pro další reakce.

      O použití lithium-piperazidu jsme neuvažovaly, následně použitou metodou cross-coupling jsme věděli, že je veliká šance na získání požadovaného produktu, nebyl proto důvod snažit se zdokonalovat aromatickou nukleofilní substituci.

    • #20986 Odpovědět
      Andrea Lavičková
      Host

      1) domnívám se, že chtěný produkt nebyl získán jelikož při reakci vzniká množství dalších produktů, které jsou velice obtížně dělitelné, tudíž nelze pomocí 1H-NMR určit přesné složení, kvůli nedostatku času jsme přešli na strategii B, která se ukázala jako efektivní a předchozí postup dále nebyl zkoumán.
      2) ano, každá šroubovice – helikální stuktura, se bude stáčet jiným směrem. viz prezentace slaid 2
      3) HRMS analýzu mi poskytla Rndr. Petra Cuřínová, ostatní analýzy jsem prováděla sama, při identifikaci látek pomocí NMR spekter mi pomáhal vedoucí práce, výpisy jsem poté prováděla sama.
      4) Odpověď je prostá, ale jednoduchá. Pd2(dba)3 nebyl v laboratoři k dispozici, dále se domnívám, že je hůře rozpustný v běžných org. rozpouštědlech.
      5) Uvažovali, ale na základě zkušeností a rad kolegy, který se podobnými reakcemi zabýval, jsme přistoupili k opakování redukce s různými podmínkami. K vyzkoušení dalších podmínek pro časovou náročnost, zatím nedošlo. Pokračovat na práci budu po složení maturitní zkoušky.

    • #20994 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, nyní dostane prostor další soutěžící.

    • #20995 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      10:00-10:30 Hana Kovářová, Masarykova střední škola chemická, Praha 1, Syntéza inhibitorů DC-SIGN receptoru, https://www.youtube.com/watch?v=DdZT26ZhD54

      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.
      Otázky:
      Co můžete změnit v postupu glykosylace?
      · Při přípravě fragmentu 1 jste vyzkoušely dva postupy. U aromatické nuklteofilní substituce píšete, že byla neúspěšná: znamená to, že reakce vůbec neproběhla, nebo že proběhla jinak, než jste chtěly?
      · Byla nějak ověřována stabilita připravených látek ve fyziologických podmínkách (voda, různá pH apod.)?
      · Nebylo by možné pro reakci podle Schématu 2 použít reaktivnější lithium-piperazid?

    • #21004 Odpovědět
      Hana Kovářová
      Host

      Produktem glykosylace je směs, která pro nás byla obtížně dělitelná. Proto bychom rády upravily mobilní fázi při chromatografii nebo využily jinou metodu přečištění. Bohužel, nám nevyzbyl čas na uskutečnění dalších experimentů.

      Reakce proběhla, ale požadovaný produkt se nepodařilo identifikovat pomocí 1H NMR ani MS.

      Stabilita látek nebyla ověřena, vzhledem k malým množstvím produktů (maximálně stovky miligramů), které byly následně potřebné pro další reakce.

      O použití lithium-piperazidu jsme neuvažovaly, následně použitou metodou cross-coupling jsme věděli, že je veliká šance na získání požadovaného produktu, nebyl proto důvod snažit se zdokonalovat aromatickou nukleofilní substituci.

    • #21014 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, nyní dostane prostor další soutěžící.

    • #21019 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      10:30-11:00 Karolína Jana Matoušková, Gymnázium Thomase Manna, Praha 8, Cyklohexylace toluenu na vrstevnatých zeolitech, https://www.youtube.com/watch?v=nxM_aQk2knU
      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.

      Otázky:
      Pro která léčiva se používá 3-methylbifenyl?
      · Která ze strukturních jednotek, {AlO4} nebo {SiO4}, má kyselejší charakter?
      · Při přípravě zeolitů vycházíte z hlinitých solí. Jakou částici utvoří Al(+III) v bazickém roztoku?
      · Diskutujte rozdíl mezi destruktivními a nedestruktivními metodami a jmenujte příklady obou skupin.
      · V grafu 4 mi není jasné různé procento výtěžku při konverzi 100 %. Prosím vysvětlete a diskutujte, zda proložení přímkou včetně posledních několika bodů při 100% konverzi je v pořádku.
      · V grafech je pozorovatelný značný rozdíl mezi konverzí a výtěžkem cyklohexyltoluenu. Vznikaly jiné produkty, nebo došlo k úniku cyklohexenu (t.v. 83 °C při reakční teplotě 105 °C)?
      Komentáře: Literatura 10, 11, 14 – neúplné citace

    • #21035 Odpovědět
      Karolína Jana Matoušková
      Host

      1. 3-methylbifenyl je jednou ze složek léků na regulaci krevního oběhu. Konkrétní léky nebyly vyhledávány, neboť většinou obsahují více účinných látek.

      2. Nedestruktivní metoda je taková, při které vzorek není porušen a může se s ním dále pracovat. Příkladem je elektronová mikroskopie. V případě destruktivních metod, již není možné dále vzorek využívat na další analýzu, protože je vzorek spotřebován, či narušen. Příkladem je plynová chromatografie.

      3. V případě všech reakcí, kde byl pozorován produkt, vznikala směs izomerů 3- a 4- cyklohecyltoluenu. Jiný produkt nebyl pozorován. Ten rozdíl je způsoben zřejmě tím, že buď nějaký produkt zůstal uvízlý v kanálech zeolitu, anebo právě únikem cyklohexenu.

      4. Různé procento výtěžku i při 100% konverzi je dáno různou strukturou zeolitů. Tím, že každý zeolit, je jiné morfologické struktury, tak má i jinak přístupná aktivní centra a velikost mikro pórů. Tudíž například v zeolitu typu BEA, ačkoliv byla 100% konverze, tak mohl nějaký podíl produktu uvíznout v kanálové struktuře a tím se mohl snížit i celkový výtěžek. V případě MCM-36, kdy byl výtěžek vyšší než 100% jde pouze o chybu zobrazení, neboť fyzikalně není možné mít vyšší než 100% výtěžek.

      Komentáře: Omlouvám se, pokud bude možnost, opravím.

    • #21045 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, nyní dostane prostor další soutěžící.

      11:00-11:30 Emma Gerginova, Arcibiskupské gymnázium v Praze, Praha 2, Syntéza zeolitu MFI s obsahem nanočástic palladia a jeho katalytická aktivita v hydrogenaci 3-nitrotoluenu, https://youtu.be/JmRzOCpqVKo
      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.
      Otázky:
      Proč se liší adsorpční a desorpční izotermy dusíku na zeolitech = jaké je vysvětlení pozorované hystereze?
      · Kolik asi atomů Pd je v jedné nanočástici (velké 2nm)?
      · Kolik částic bylo vzato v úvahu při hodnocení velikosti částic? Co může nastat, vezmeme-li k vyhodnocení příliš nízký počet částic?
      · Proč byly pro přípravu zeolitu použity váhy s nízkou přesností (1,4 g Al2(SO4)3 s přesností na jedno desetinné místo znamená značnou chybu)?
      · Co znamená zkratka TEOS?

    • #21056 Odpovědět
      Emma Gerginova
      Host

      Proč se liší adsorpční a desorpční izotermy dusíku na zeolitech = jaké je vysvětlení pozorované hystereze?
      Příčinou je, že dochází ke kapilární kondenzaci v pórech a průběh desorpce už pak nemůže být stejný, jako průběh napouštění plynu do soustavy a adsorpce.

      · Kolik částic bylo vzato v úvahu při hodnocení velikosti částic? Co může nastat, vezmeme-li k vyhodnocení příliš nízký počet částic?
      V tomto případě bylo pro analýzu vybráno mezi třemi a sedmi snímky s viditelnými nanočásticemi na vzorek, aby hrubým odhadem vyšlo na každý se zeolitů podobné množství měřených částic, kolik pak bylo typicky na jednom snímku dobře pozorovat částic je zřejmé z příkladů snímků v mé práci (tj.v řádu desítek částic/snímek). Pokud je vzat příliš malý počet, dochází ke stejnému jevu, jako u jakéhokoli výzkumu či statistiky: menší množství hůře reprezentuje celek a mohou se více projevit chyby způsobené např. přítomností extrémních hodnot ve vzorku.

      · Proč byly pro přípravu zeolitu použity váhy s nízkou přesností (1,4 g Al2(SO4)3 s přesností na jedno desetinné místo znamená značnou chybu)?
      V tomto ohledu existují různé přístupy – můj konzultant mi doporučil takto a v tomto případě se u všech tří vzorků s využitím této přesnosti podařilo připravit požadovanou strukturu.

      · Co znamená zkratka TEOS?

      TEOS je zkratka pro tetraethyl orthosilikát (SiC8H20O4), který se podobně jako v mém experimentu používá běžně pro syntézu zeolitů jako zdroj křemíku.

    • #21060 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, nyní dostane prostor další soutěžící.

      11:30-12:00 Karolína Mrzílková, Gymnázium Arabská, Praha 6, Vliv inkorporace N-substituované aminokyseliny do C-konce řetězce B insulinu na jeho biologické vlastnosti, https://www.youtube.com/watch?v=JkXt0xWTzSY
      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.
      Otázky:
      IR-A a IR-B jsou insulinové receptory A a B (dvojího typu). Co je IGF1-R a jakou má funkci?
      · Z kolika hodnot a jakým způsobem byly počítány odchylky a chybové úsečky?
      · Jakým způsobem byl do peptidů inkorporován chráněný tyramin, jak a kdy byla odchráněna terc-butylová skupina? Z práce to není jasné.
      Komentáře: Nevysvětlené zkratky
      Psi není standardní jednotka tlaku, lépe v kPa Z obrázku 7 není vidět, že byl použit D-lysin.

    • #21080 Odpovědět
      Karolína Mrzílková
      Host

      Dobrý den,

      1.IGF-1 je insulin-like growth factor 1, tedy insulinu podobný růstový faktor 1. IGF-1R je tedy receptorem tohoto hormonu.IGF-1 stimuluje svůj receptor, což má za následek růst takto stimulovancých buněk. Kromě primárně růstové funkce je IGF-1 také schopen regulovat buěčnou syntézu DNA.

      2.Prezentované výsledky jsou průměrnou hodnotou alespoň šesti provedených testů, co se testovaní vazebné afinity a Kd týká. Prezentované výsledky stimulací analogy jsou průměrnou hodnotou dvou testů. Výsledná data byla analyzována pomocí programu GraphPad Prizm 5.0, jak uvádím v práci.

      3. Inkorporace peptoidu tyrosinu do petidového řetězce probíhala ve dvou krocích: nejeprve byl syntetizován řetězec „před peptoidem“ a následně jeho zbytek. Terc-butylová skupina byla chráněna skupinou Boc.

      Děkuji za Vaše dotazy a komentáře. Nedostatky se ve své práci budu snažit co nejrychleji opravit.

    • #21082 Odpovědět
      Karolína Mrzílková
      Host

      Dobrý den,

      1.IGF-1 je insulin-like growth factor 1, tedy insulinu podobný růstový faktor 1. IGF-1R je tedy receptorem tohoto hormonu.IGF-1 stimuluje svůj receptor, což má za následek růst takto stimulovancých buněk. Kromě primárně růstové funkce je IGF-1 také schopen regulovat buněčnou syntézu DNA.

      2.Prezentované výsledky jsou průměrnou hodnotou alespoň šesti provedených testů, co se testovaní vazebné afinity a Kd týká. Prezentované výsledky stimulací analogy jsou průměrnou hodnotou dvou testů. Výsledná data byla analyzována pomocí programu GraphPad Prizm 5.0, jak uvádím v práci.

      3. Inkorporace peptoidu tyrosinu do petidového řetězce probíhala ve dvou krocích: nejeprve byl syntetizován řetězec „před peptoidem“ a následně jeho zbytek. Terc-butylová skupina byla chráněna skupinou Boc.

      Děkuji za Vaše dotazy a komentáře. Nedostatky se ve své práci budu snažit co nejrychleji opravit.

    • #21085 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, nyní dostane prostor další soutěžící.

      12:00-12:30 Kamil Lukáš Zach, Masarykova střední škola chemická, Praha 1, Interakce komplexních sloučenin cyklamového typu s kyanidem a oxidem uhelnatým, https://www.youtube.com/watch?v=FZ1qNzEoTO0
      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.
      Otázky:
      Co mohlo být příčinou pozorovaných barevných změn při přípravě roztoku Cu2+- cyklam (str. 32)?
      · Byl některý z komplexů také izolován a plně charakterizován? (Ne nutně vámi, třeba ve vaší laboratoři, popř. mohl být popsán v literatuře.)
      · Nedocházelo při probublávání roztoku (objem několik ml, minuty) oxidem uhelnatým k odpařování rozpouštědla?
      · Vzhledem ke zcela neosobní formulaci textu (např. se navážila) není jasné, jaký podíl práce je autora. Prosím o vyjasnění.
      · Jsou-li známa data z literatury, např. pro interakční konstantu hemoglobinu s kyanidem případně i s cyklamem, jak vychází ve srovnání Vaše experimentální data?
      · K jakému chemickému ději podle Vás dochází při interakci kyanidového iontu s Ni2+-TACTAc?
      · Podle práce dochází při smíchání TACTAc.4HCl s pufrem k uvolnění TACTAc; jak je bázický?
      Komentáře: V klíčových anglických slovech je „carbon dioxide“ – to opravdu není oxid uhelnatý
      Velmi nepřehledné zpracování písemné práce včetně problematických citací zdrojů
      Hlavní metabolizace nitrilů karboxylových kyselin určitě není odštěpením kyanidového iontu

    • #21101 Odpovědět
      Kamil Lukáš Zach
      Host

      Dobrý den, pokusil jsem se odpovědět na vaše otázky.

      Co mohlo být příčinou pozorovaných barevných změn při přípravě roztoku Cu2+- cyklam (str. 32)?
      Domníváme se, že pokud není roztok dostatečně bazický, tak nevzniká komplex Cu2+- cyklam. To je způsobeno tím, že kyanid ochotně hydrolyzuje a vytváří se rovnováha mezi kyanovodíkem a kyanidem. Kyanid má dle naší teorie mnohem vyšší afinitu k vodíkovému protonu jak k komplexu. Zkoušeli jsme u vzorku přecházet několikrát z bazického do kyselého pH. Tmavě modrá (fialová barva) vznikla jen při vysokém pH. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli používat pufry pro naše měření.

      · Byl některý z komplexů také izolován a plně charakterizován? (Ne nutně vámi, třeba ve vaší laboratoři, popř. mohl být popsán v literatuře.)
      Já osobně jsem žádný komplex neizoloval. Vím o jedné studii z poloviny 20. století, která se zaobírala afinitou kyanidu k měďnatému cyklamu, avšak ani oni neprovedli izolaci. Pokud se ptáte na izolaci samotného komplexu (na kterém není navázán kyanid ani CO), tak dozajista existují studie na izolované formy. Velmi dobře je popsán meďnatý cyklam, u kterého existuje několik izomerů.

      · Nedocházelo při probublávání roztoku (objem několik ml, minuty) oxidem uhelnatým k odpařování rozpouštědla?
      Toto jsem bral v úvahu. Otázku nemůžu potvrdit, ale ani vyvrátit. Podle mne docházelo k aspoň částečnému odpaření, ale naším cílem bylo zjistit, zda dochází aspoň z části ke změně spektra. Pokud by došlo jen k odpaření, spektrum by mělo stejný tvar, jen absorbance by byla vyšší. Pokud by došlo k navázání CO, tak by se asi objevil někdy pík, který na původním spektru zřetelně nebyl. Tato měření chci dozajista opakovat, aby se dalo hovořit o průkaznosti.

      · Vzhledem ke zcela neosobní formulaci textu (např. se navážila) není jasné, jaký podíl práce je autora. Prosím o vyjasnění.
      Můj školitel mi před započetím práce řekl, že v odborné literatuře je možná psát dvěma způsoby, a to s využíváním zvratného se (se navážilo, se připravilo) nebo s použitím trpného rodu (bylo naváženo, bylo připraveno). Já se rozhodl pro použití zvratného tvaru – v polovině práce mi došlo, že to byla ta méně vhodná varianta, ale práci už jsem nepřepisoval. Všechny laboratorní úkony jsou čistě má práce. Tedy můj podíl je 100 %.

      · Jsou-li známa data z literatury, např. pro interakční konstantu hemoglobinu s kyanidem případně i s cyklamem, jak vychází ve srovnání Vaše experimentální data?
      Již jsem zmiňoval data z Jihoafrické republiky na studium afinity kyanidu k měďnatému komplexu. Porovnávali jsem data s jejich výsledky a moje konstanta stability se téměř shodovala s jejich. Tato studie byla ale poněkud zavádějící, jelikož v jejich práci neuvažovali pH, a proto si dovolím říci, že byla poněkud špatně provedená, jelikož pH je stěžejní kritérium. Při udržení pH na rozmezí neutrality klesá stabilita kyanydokomplexu. (První měření bez pufru odpovídalo jihoafrické studii, druhé s použitím pufru už ne.) K ostatním komplexům cyklamu asi také existují studie, ale ty jsem dosud nehledal.

      · K jakému chemickému ději podle Vás dochází při interakci kyanidového iontu s Ni2+-TACTAc?
      Podle mne dochází k substituci koordinované vody (případně dvou vod – záleží na izomeru) kyanidem.

      · Podle práce dochází při smíchání TACTAc.4HCl s pufrem k uvolnění TACTAc; jak je bázický?
      Roztok by měl mít pH pufru, možná nižší. pH jsem vždy optimalizoval přidáním stopového množství koncentrovaného roztoku NaOH, aby byla dodržena přesná koncentrace.
      Jak TACTAc, tak HCl mají kyselý charakter, jelikož obsahují kyselý vodík.

    • #21106 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, nyní dostane prostor další soutěžící.

      12:30-13:00 Dajana Kolářová, Masarykova střední škola chemická, Praha 1, Příprava matrixového proteinu M-PMV pro rentgenostrukturní analýzu, https://youtu.be/wIBpzawCnfQ
      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.
      Otázky:
      Na str. 16 uvádíte přesné složení pufrů pro izolaci a purifikaci proteinů, a v tabulce máte, že jste každý z nich užili pro pH 8 a pH6. Jakou změnou jejich složení jste měnili hodnotu pH? Které hodnotě pH odpovídají ta vypsaná složení?
      · Popište krystalizaci metodou sedící kapky: Odkud kam difunduje voda, kde je přítomno srážedlo, co je srážedlo chemicky?
      · Kolik proteinů jste vykrystalizovala? v práci píšete o jednom, v prezentaci snad zmiňujete dva?
      · Vysvětlete, co znamená tvrzení „prakticky identická“ ve větě „určit strukturu MAPP. Tato struktura je prakticky identická s již dříve určenou krystalovou strukturou MA“. Dále vysvětlete, zda a proč lze očekávat podobnou strukturu těchto proteinů.
      · jaká je role ampicilinu a kanamycinu při produkci rekombinantních proteinů?
      Komentáře: Obr.1 – liší se popis obrázku v textu od popisu pod obrázkem: co je správně? (Je zralá retrovirová částice A nebo B?)
      Kyselina myristová = tetradekanová. Píšete ale, že je nenasycená (str.14)
      Odkazy 1, 5 a 6 v literatuře jsou nedostatečné.
      Některé citace jsou neúplné; standard a ne standart.

    • #21114 Odpovědět
      Dajana Kolářová
      Host

      Dobrý den vážená poroto a milí soutěžící,
      Děkuji za zajímavé dotazy. Doufám, že moje odpovědi budou dostačující.
      1) Pufr jsem připravovala vždy podle tabulky. Následně jsem upravovala experimentálně pH pomocí měření pH metrem. Pro kyselé pH bylo použito pár kapek HCl do chtěného pH, pro zásadité pH jsem naopak použila NaOH.
      2) Miska vypadá tak, že je rozdělena na 96 částí. Každá část má 3 různé jamky pro různé koncentrace a jednu větší jako rezervoár, který je trochu níž. Difunduje to tedy směrem nahoru s tím, že je miska zalepena folii a tudíž může dojít k interakci a následné krystalizaci. Srážedlo chemicky je v každé podmínce různé, protože byly použity 2 komerční sady ( JCSG Core 1 Suite a Morpheus) k větší probablitě nalezení správné podmínky.
      3) Krystalizovala jsem dva různé kontrukty nazvané MAPP a MA5PP. V práci jsou zmíněné v uvodu, anotaci a ve výsledkách. S tím, že MAPP jsem připravila myristoylovaný i nemyristoylovaný. Výsledná struktura byla pouze z jednoho. Je možné, že jsem omylem zaslala verzi s chybičkou v názvech. Díky karanténě jsem nemohla jet do práce pro tu poslední verzi. Nejsem si jistá, jestli jsem měla doma tu správnou, případně se omlouvám.
      4) Jak vysvětluji ve videu, podle výsledků se nezobrazuje kus navazujícího fosfoproteinu, nejspíše, protože je protein prostorově neuspořádaný a vzniká tam stérická překážka. Zároven jsme zjistili, že absence myristové skupiny bere proteinu schopnost tvořit helix. To by mělo vysvětlit mé tvrzení a zároveň i proč se to dalo očekávat. U proteinové krystalizace je hodně neznámých a vlivů. Tudíž bez více informací si nedovolím více říct.
      5) Ampicilin a kanamycin jsou antibiotika. Při tvorbě plazmidu kodujici sekvenci pro náš protein jsem přidala ještě kanamycinocou či ampiciminovou resistenci. Tudíž jsme mohli vyselektovat bakterie obsahující ten správný plazmid. Ampicilinová resistence byla zakódovaná v plazmidu pro tvorbu proteinu a kanamycinová k selekci bunek, když byly navíc myristoylované.
      Komentáře:
      Došlo k chybě během snahy o využití wordu, pořád se mi měnilo číslování. Omlouvám se. Správně je popisek v obrázku. Děkuji za všimnutí. Opravím to.
      Došlo k chybě během mého psaní (nejsem češka, občas si smíchám češtinu a italštinu). Moc se omlouvám. Děkuji za všimnutí a opravím to.
      Co se týká citací vkládala jsem je pomocí aplikace Mendeley, ve které mám všechny články. Mělo to generovat automaticky z databáze. Omlouvám se, nějak to napravím.

      Nedostatky opravím a děkuji za možnost pokračovat aspoň takto online. Je to zábavná výzva. V laboratoři krystalizace stále probíhá, avšak začala jsem pracovat ještě na dalším projektu.

    • #21116 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, nyní dostane prostor další soutěžící.

      13:00-13:30 Veronika Průchová, Gymnázium Nad Štolou, Praha 7, Syntéza alarmonů (p)ppGpp, (p)ppApp a jejich analogů, https://youtu.be/PEDfiDGZfWY

      Vítáme Vás, přejeme úspěšné obhajoby a prosíme o dodržení časového limitu. Odpovězte vždy alespoň na tři otázky, pokud zbyde čas, můžete odpovídat dále do uplynutí limitu. Děkujeme.
      Otázky:
      Na jaké produkty by hydrolyzoval ten hydrolyzovatelný alarmon, dala by se hydrolýza ovlivnit změnou pH?
      · Liší se nějak princip sloupcové, TLC a přístrojové kapalinové chromatografie?
      · K čemu sloužila při přípravě látky 15 trojnásobná kodestilace látky 14 s dioxanem?
      Komentáře: Pozdní dodání práce

    • #21131 Odpovědět
      Veronika Průchová
      Host

      Dobrý den,
      Na jaké produkty by hydrolyzoval ten hydrolyzovatelný alarmon, dala by se hydrolýza ovlivnit změnou pH?

      Hydrolyzovatelný alarmon by se hydrolyzoval na ppGpp (v případě (p)ppGpp, analogicky by tomu bylo i u (p)ppApp, tedy byl by hydrolyzován na ppApp.
      V kyselém prostředí (pH 2) dochází k hydrolýze rychleji, bylo by nuté zaměřit se na pH nad 8, kdyby se měla hydrolýza zpomalit.

      Liší se nějak princip sloupcové, TLC a přístrojové kapalinové chromatografie?
      Může se lisšit ve výběru sorbentu, u TLC se jedná o silikagel, též tomu bylo v mé práci i u sloupcové, u kapalinovém chromatografie se může lišit. Principiálně jsou všechny metody velmi podobné. U kapalinové se lze častěji setkat se změnami tlaku, který celý proces dělení urychlují.

      · K čemu sloužila při přípravě látky 15 trojnásobná kodestilace látky 14 s dioxanem?
      Kodestilace byla nutná ke stabilizaci látky, aby mohla být provedena další reakce. Slouží obecně k stabilizaci chloridů, které by v reakční směsi zůstaly po předchozí reakci.

      Děkuji z dotazy, přeji hezký den

    • #21133 Odpovědět
      Barbora Friedrichová
      Host

      Děkujeme za odpovědi, obhajoby v oboru 3 jsou u konce, diskuzní fórum zůstává otevřené pro volnou debatu.

    • #21595 Odpovědět
      Petra Procházková
      Host

      Vážení studenti,

      děkujeme za vaši účast v soutěži SOČ. Jsme rádi, že jsme to v letošních nezvyklých a obtížných podmínkách všichni zvládli. Porotci již sestavili pořadí, velice ocenili vysokou úroveň prací, které se letos sešly, proto blahopřejeme všem účastníkům. Těšíme se na další setkávání a přejeme mnoho úspěchů v oborech, kterým se budete věnovat.

      Výsledková listina 42. ročníku KK SOČ v Praze – obor č. 3 – Chemie

      Práce z prvního a druhého místa postupují do celostátní přehlídky SOČ. Práce ze třetího místa postupuje do licitace.

      1. m. Karolína Mrzílková
      Vliv inkorporace N-substituované aminokyseliny do C-konce řetězce B insulinu na jeho biologické vlastnosti

      2. m. Aneta Kahleová
      Změny fluorescenčního spektra látek po komplexaci do cyklodextrinové kavity pro použití v molekulárních senzorech

      3. m. Dajana Kolářová
      Příprava matrixového proteinu M-PMV pro rentgenostrukturní analýzu

      4. m. Hana Kovářová
      Syntéza inhibitorů DC-SIGN receptoru

      5. m. Kamil Lukáš Zach
      Interakce komplexních sloučenin cyklamového typu s kyanidem a oxidem uhelnatým

      6. m. Andrea Lavičková
      Syntéza helicenových derivátů pro přípravu nových chirálních polymerů

      7. m. Emma Gerginova
      Syntéza zeolitu MFI s obsahem nanočástic palladia a jeho katalytická aktivita v hydrogenaci 3-nitrotoluenu

      8. m. Karolína Jana Matoušková
      Cyklohexylace toluenu na vrstevnatých zeolitech

      9. m. Veronika Průchová
      Syntéza alarmonů (p)ppGpp, (p)ppApp a jejich analogů

    • #21635 Odpovědět
      Dajana Kolářová
      Host

      Dobrý den,
      Děkuji za krásné ocenění. Jen nejsem obeznámena s termínem licitace a co to dále obnáší. Mohu poprosit o objasnění situace?
      Děkuji

    • #21652 Odpovědět
      Petra Procházková
      Host

      Dobrý den,

      licitace znamená, že se ještě o postup do celostátního kola „utkáte“ s případnými dalšími soupeři v případě, že bude v celostátní soutěži volné místo. Budeme vás kontaktovat s přesnými informacemi.

Aktuálně je na stránce zobrazeno 29 vláken odpovědí
Odpověď na téma: 42-kraj Praha-obor 3
Informace o uživateli: