Hlavní stránka Fóra Forum pro soutěžící SOČ 42. celostátní přehlídka ONLINE 42. CP SOČ online – obor 04 biologie

  • Toto téma je prázdné.
Aktuálně je na stránce zobrazeno 21 vláken odpovědí
  • Autor
    Příspěvky
    • #23550 Odpovědět
      Miroslava Fatková
      Host

      Porota oboru 04 – biologie
      Složení poroty:
      RNDr. Daniel Kavan, Ph.D. – předseda
      RNDr. Stanislav Mihulka, Ph.D.
      doc. RNDr. Roman Fuchs, CSc.
      Mgr. Lukáš Faltejsek, Ph.D.
      RNDr. Jaroslav Koleček, Ph.D.

    • #23778 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Vážení soutěžící,

      obhajoby Vašich prací proběhnou v sobotu 13. června, kdy od devíti hodin začneme do fóra vkládat své otázky k jednotlivým pracím. Budeme se snažit udržovat pro každou Vaši práci oddělené vlákno, proto Vás prosím, abyste si pokaždé při odpovědi zkontrolovali, že odpovídáte na předchozí příspěvek a nepřidáváte nové diskuzní vlákno – poznáte to podle pozice odpovědního formuláře, který se musí zobrazit bezprostředně pod příspěvkem, na který chcete odpovědět. Ne vždy se to po kliknutí na “ODPOVĚDĚT” podaří.

      Obhajoby by tak měly proběhnout formou jakési diskuze v jednotlivých vláknech, pohlídejte si tedy, jestli jsme na Vaši odpověď nezareagovali nějakou doplňující otázkou.

      Za porotu oboru 04 – biologie

      Daniel Kavan

      • #23858 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host

        Milí soutěžící,
        do tohoto vlákna budeme přidávat organizační poznámky a různé obecné záležitosti. Jednou za čas si prohlédněte, jestli tu není nějaké důležité sdělení.

        Pokud se Vám nedaří odpovídat na své vlákno, zkuste při kliknutí na „ODPOVĚDĚT“ podržet klávesu Ctrl. Sice se asi na pozadí otevře nová záložka, ale formulář by měl být na správném místě. Záložku na pozadí můžete bez obav zavřít.

        Pokud budete mít nějaké dotazy nebo připomínky, obraťte se na kohokoli z organizátorů, případně přímo na předsedu biologické komise.

        • #24046 Odpovědět
          Daniel Kavan
          Host

          Milí soutěžící,

          jménem celé poroty Vás vítám u dnešních obhajob. Kolem deváté začneme do systému postupně vkládat své dotazy a budeme očekávat Vaše odpovědi. Sledujte pečlivě své vlákno, protože se může stát (a velmi pravděpodobně se to i stane), že jako reakci položíme další doplňující dotaz. Dotazů položíme několik naráz, ale odpovídat můžete v libovolném pořadí a klidně jednotlivě.

          Po skončení obhajob Vám na závěr do vlákna vložíme jakési malé hodnocení jako zpětnou vazbu pro Vás. Toto hodnocení jsme se rozhodli vložit až nakonec, aby to nijak neovlivnilo Vaše diskuzní naladění.

          Přejeme klidnou mysl a hodně štěstí

          • #24665 Odpovědět
            Daniel Kavan
            Host

            Milí soutěžící,

            vzhledem k tomu, že už ukončujeme některé obhajoby, přidám zase pár organizačních věcí:

            • Na konec Vašeho vlákna po obhajobě vložíme slíbené stručné hodnocení.
            • Pokud byste měli jakékoli dotazy nebo připomínky, neváhejte nás kontaktovat, ať už prostřednictvím fóra, nebo jakkoli jinak.
            • Sledujte i nadále toto organizační vlákno pro případ, že by se vyskytlo něco důležitého.
      • #24723 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host

        Milí soutěžící,

        obahjoby jsou u konce, děkujeme za Vaše odpovědi. Nyní musíme stanovit pořadí a věřte, že to nebude jednoduché.

        Pokud byste měli zájem o nějakou osobnější konzultaci, napište mi email, a v případě zájmu můžeme domluvit nějakou videokonferenci.

        Pokud ne, tak Vám přejeme klidné léto a mnoho úspěchů nejen ve vědeckém životě.

        • #24726 Odpovědět
          L. Falteisek
          Host

          Ještě doplnění: jsme zde všichni pohromadě, tak neváhejte kontaktovat Dana i v případě, že byste chtěli konzultovat s někým jiným z porotců. Též přeju vše dobré do budoucí (vědecké) dráhy.

          • #24727 Odpovědět
            Michaela Jirků
            Host

            Vážená poroto,

            prosím, kdy a kde zhruba můžeme čekat výsledky? Nejsem si úplně jistá, jestli se to někde uvádělo, popř. se omlouvám, jestli jsem to někde přehlédla.

            Předem moc děkuji odpověď.

            Hezký den!

            Michaela Jirků

            • #24729 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              Neberte mě za úplnou autoritu v tomto směru. My jako porota máme úkol stanovit pořadí prací do dnešních 4 hodin odpoledne a odeslat je ústřední komisi. V našich instrukcích bylo dále psáno toto:

              „Ukončení 42. ročníku CP SOČ bude formou videozáznamu zveřejněno na http://www.soc.cz dne 14. června 2020 ve 14:00 hodin. Na zakončení soutěže bude navazovat zveřejnění výsledků.“

              Mělo by to tedy být tak, ale pokud chcete mít úplnou jistotu, ptejte se někoho z ústřední komise.

            • #24730 Odpovědět
              Michaela Jirků
              Host

              Vážený pane předsedo poroty,

              tato informace mi pro orientaci určitě postačí.

              Moc děkuji a přeji krásný den!

              Michaela Jirků

    • #23839 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Ema Grofová
      Škola: Gymnázium Matyáše Lercha, Brno, Žižkova 55, příspěvková organizace
      Název práce: Vliv fibroblastových růstových faktorů na vývoj mléčné žlázy ve 3D kulturách
      Prezentace: YouTube

      • #24068 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host
        1. Jaký byl zdroj jednotlivých použitých růstových faktorů?
        2. Proč jsou v garfech 3, 4 a podobných uvedeny na osách hodnoty v px a px^2 (mimochodem použití horního indexu na mocninu by přidalo práci lesku – v drobnostech je síla)? Nešlo by jednotky přepočítat na skutečné rozměry? Jak?
        3. Organoidy jste fixovala látkou PFA. O jakou jde látku/směs?
        • #24278 Odpovědět
          Ema Grofová
          Host

          1. Faktory nebyly izolovány přímo z myší, byly získány zvýšenou expresí genů pro FGF v Escherichia coli a následnou purifikací vzniklých proteinů. Tímto jsem se ale v práci nezabývala, používala jsem již připravené faktory. Všechny použité faktory však byly tzv. wild type, tedy takové, jak se vyskytují v běžném organismu (nikoli stabilizované).

          2. K výpočtu velikosti organoidů jsem využila program ImageJ, kde se tato možnost nabízela. Vzhledem k velkému počtu měřených organoidů by bylo pozdější přepočítávání na skutečné jednotky časově mírně náročnější. Navíc předmětem výzkumu bylo spíše porovnat výslednou velikost organoidů s počátkem kultivace a také porovnat velikost organoidů v médiích s přidanými faktory vůči velikosti organoidů v bazálním médiu. Více než skutečná velikost mě tedy zajímala změna velikosti. Nicméně samozřejmě by bylo možné toto všechno provést i po přepočítání na skutečnou velikost. V takovém případě bych pomocí známé vzdálenosti (měřítka) určila vztah mezi pixely a skutečnými jednotkami (vhodné by byly mikrometry) a v Excelu všechny naměřené hodnoty převedla na skutečné jednotky.

          3. Jde o paraformaldehyd, respektive zde byl použit 4% roztok paraformaldehydu v PBS (fyziologický roztok, vodný roztok několika druhů solí).

          • #24340 Odpovědět
            Daniel Kavan
            Host

            1) Dobře. A tato exprese probíhala ve Vaší laboratoři nebo u nějakého spolupracovníka? Exprese proteinů z eukaryot v prokaryotech nemusí být úplně jednoduchá věc, na co byste si musela dát pozor, pokud byste se o něco takového pokoušela tušíte?

            2) Výborně. A pro zajímavost, jaká je kultura publikování výsledků v této oblasti? Používají se takovéto relativní jednotky často, nebo se používají spíš ty mikrometry?

            3) Ano. A co takové ITS? Ano, narážím na absenci seznamu zkratek v práci.

            4) Doplňující: Při izolaci organoidů je jedním z kroků resuspendace v mediu s DNázou, k čemu tam ta DNáza slouží?

            • #24576 Odpovědět
              Ema Grofová
              Host

              1) Ne, exprese neprobíhala v naší laboratoři, spolupracujeme s firmou Enantis, která faktory dodává. Při expresi genů z eukaryot v prokaryotech je nezbytné brát v úvahu rozdíly v proteosyntéze v eukaryotách a prokaryotách. Např. vzhledem k absenci úprav mRNA po transkripci a alternativního sestřihu v prokaryotách je nutné geny eukaryot dodat do prokaryot v podobě bez intronů.

              2) Nejsem si stoprocentně jistá, ale řekla bych, že ani jedno, ani druhé. Nejčastěji se podle mě pracuje s relativní velikostí normalizovanou např. právě k prvnímu dni kultivace nebo velikostí organoidů v bazálním médiu.

              3) ITS je směs inzulinu, transferinu a selenia. Ano, máte pravdu, seznam zkratek by přišel vhod.

              4) DNáza slouží v podstatě k odlepení buněk od sebe. DNA z rozbitých buněk, která se vyskytuje mezi neporušenými buňkami, totiž díky svým vlastnostem spojuje jednotlivé buňky k sobě, což by bylo v této fázi izolace organoidů nežádoucí, proto je nutné nepotřebnou DNA rozštěpit DNázou. Samozřejmě DNA uzavřené v neporušených buňkách s funkční cytoplazmatickou membránou DNáza nijak neuškodí, neboť se k ní skrz membránu nedostane.

            • #24590 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              Skvělé, už se jen zeptám, jak je to v prokaryotické buňce s redoxním potenciálem a zapojováním disulfidových můstků, případně s glykosylací, to byste věděla? Ano, je to dost mimo Vaše téma, ale zkuste to.

            • #24619 Odpovědět
              Ema Grofová
              Host

              To se přiznám opravdu netuším. Myslím, že co se týče posttranslačních modifikací proteinů u prokaryot, jsou méně časté než u eukaryot (takže předpokládám představují další věc, na kterou si dát pozor při expresi genů eukaryot v prokaryotách), ale detaily Vám bohužel neřeknu.

            • #24639 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              Ano, je to tak, prokaryota neglykosylují, chybí jim transferázy. Zrovna tak ten redoxní potenciál není pro zapojení SS můstků příznivý.

              Výborně, jsme spokojení, děkujeme za odpovědi.

      • #24667 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host

        Úvod je velice pěkný a celá poměrně složitá a komplexní problematika je popsaná jasně a srozumitelně. K tomu jistě napomáhají i dobře použité obrázky, u kterých oceňuji jejich překlad do jazyku práce. Vzhledem ke studované problematice je zde (a nejen zde) použito poměrně velké množství zkratek a tak za dost zásadní nedostatek považuju to, že v práci nikde není jejich seznam.
        V práci nejsou nijak jasně definovány její cíle, takže účel si čtenář musí domyslet z anotace a dalších kapitol.
        Metody jsou přehledně a srozumitelně popsané ve zvláštní kapitole, trochu mi ale chybí nějaké ucelené shrnutí použitého materiálu, o to víc i zde vadí absence seznamu zkratek.
        Výsledků bylo dosaženo velké množství, ovšem díky jejich konzistentní prezentaci jsou jasné, přehledné a dobře se v nich orientuje. Osobně bych se asi pokusil lehce zredukovat počet grafů spojením některých z nich do jednoho, ovšem neorientuju se ve zvyklostech prezentace výsledků v této oblasti. Zlepšit by šly určitě i legendy grafů (význam jednotlivých symbolů v grafu 1 a podobných).
        Diskuze je velmi zdařilá a troufám si říct, že její kvalita převyšuje většinu Diskuzí, se kterými se setkávám např. v bakalářských pracích.
        Jde podle mého názoru o velmi dobrou práci, o to větší škoda chybějícího seznamu zkratek a ne úplně zdařilých legend grafů.

    • #23840 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Vítězslav Havlíček
      Škola: Gymnázium Velké Meziříčí
      Název práce: Predikce proteinové struktury receptoru mGluR2 pro vstup viru vztekliny u letounů
      Prezentace: YouTube

      • #24081 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host
        1. Je známo, jak se virový glykoprotein k receptoru váže? Jaká je jeho sacharidová struktura?
        2. Jaký software jste použil na prohlížení pdb struktury 5KZQ? Co mi o této struktuře můžete říct (co vše model obsahuje/neobsahuje)?
        3. Porovnejte alignment z Geneiousu a z modelovacích serverů, jak je možné, že Geneious nemá s alignmentem kolem ak 116 problém?
        • #24382 Odpovědět
          Vítězslav Havlíček
          Host

          Dobrý den, vážená poroto,
          mé odpovědi na položené otázky jsou:

          1. To, jak se virový glykoprotein RABV k receptoru váže, je známo. U ostatních lyssavirů je ovšem situace komplikovanější, protože se k receptoru mohou vázat odlišně. O vazbě RABV k receptoru víme, že glykoprotein trimerizuje, což je pro jeho vazbu na receptory velmi podstatné. O sacharidové struktuře Gp víme, že je N-glykosylovaný na 56., 266. a 338. aminokyselinovém reziduu.

          2. Na prohlížení struktury 5KZQ jsem použil online implementovaný nástroj JSmol. Struktura obsahuje například uspořádání atomů receptoru, vodíkové vazby mezi jednotlivými atomy, karbohydráty nebo ligandy. Můžeme z ní také vyčíst místa glykosilace apod.

          3. Geneious nemá s alignmentem okolo ak 116 takový problém, protože se nezabývá jeho strukturním alignmentem. Naopak u modelovacích serverů se jedná především o strukturní alignmenty. Možné problémy se mohly vyskytnout kvůli chybějícím částí templátů nebo variabilním sítím.

          Děkuji za dotazy.
          Vítězslav Havlíček

          • #24517 Odpovědět
            Vítězslav Havlíček
            Host

            Omlouvám se za překlep. *sítím -> místům

          • #24563 Odpovědět
            Daniel Kavan
            Host

            U Vaší práce je tato metoda obhajoby obzvlášť nešťastná, ale zkusme to:

            1) Pokud je známo, jak se Váže – váže se teda do stejného místa jako glutamát?

            2) To jste napsal obecně, nebo konkrétně? Jak je to konkrétně u Vašeho 5KZQ? Máte tam nějakou glykosylaci? Máte tam nějaký ligand? Jsou tam informace o všech aminokyselinách?

            3) To podle mě není ten důvod, zkusme k mému důvodu dojít odpovědí na 2)

            • #24629 Odpovědět
              Vítězslav Havlíček
              Host

              Omlouvám se, myslel jsem, že se zaměřujete na glykoprotein viru vztekliny.
              1) To, jaké je konkrétní vazebné místo u mGluR2, není známo. Jedná se o nově objevený receptor (roku 2018), který ještě nebyl podrobněji zkoumán. Mnou objevená variabilní doména se však nachází v blízkosti vazebného místa glutamátu.

              2) Už chápu, kam jste tím mířil. Psal jsem to konkrétně. U 5KZQ nejsou uvedené glykosylace. U mGLuR2 obecně známy jsou (viz UniProt). Ligandy jsou u 5KZQ dva, a to 6YS a NAG. Informace o všech aminokyselinách nejsou uvedeny, je jich uvedeno pouze 503.

              3) V tomto případě to může být způsobeno nedostupností templátu pro daný úsek. Dále to může být způsobeno glykosylací nebo vazebného místa ligandu.

            • #24655 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              1) Nevím, jestli úplně rozumím. Chápu to tak, že se ví, kam se váže glutamát, ale neví, jak se váže virový glykoprotein.

              1a) Tím blízko myslíte blízko sekvenčně (souhlasím), nebo prostorově (s tím už souhlasím o dost míň).

              1b) Co vás vede k tomu ten chvostík asi dvaceti aminokyselin nazývat doménou?

              2) Ano, to je ono, ale trochu Vás opravím. 6YS je nějaký inhibitor, tedy předpokládám, že je v místě vazby glutamátu, a je to opravdu „ligand“. Tušíte, co je to ten NAG?

              3) Ano, dostáváme se, kam chci. Vy totiž máte u těch alignmentů jiné podmínky. Geneiousu předhazujete celou sekvenci lidského receptoru z databáze, zatímco servery si berou sekvenci z pdb souboru, kde chybí rezidua 111-132 (mimo jiné, zkuste si pdb soubor otevřít v textovém editoru a vyhledejte frázi „MISSING RESIDUES“). Servery si tyto chybějící ak zjevně nevytáhnou a tím vznikne mezera v sekvenci, což je při alignmentu skoro vždycky zdroj problémů.

            • #24678 Odpovědět
              Vítězslav Havlíček
              Host

              1) Ano, podle dostupných informací to tak opravdu je.

              1a) Myslím tím blízko sekvenčně.

              1b) Máte pravdu, že doména to není. Jedná se o chybu v mém názvosloví. Lepší by bylo „úsek“.

              2) NAG je důležitá složka biomolekul. Jedná se o N-acetylglukosamin.

              3) Dobře, zkusil jsem si to a už vidím ten problém. Děkuji moc za navedení, v budoucnosti se tím budu nadále snažit zabývat.

            • #24692 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              1a) A má to velkou relevanci, že je to blízko sekvenčně, ale daleko prostorově?

              2) Ano, je to GlcNAc, tedy v modelu glykosylaci máte.

              3) Výborně. Já se totiž trošku obávám, že jste ten svůj výsledek trochu přecenil a může jít jen o nějakou hodně variabilní smyčku, která si plandá v prostoru (což je taky nejspíš důvod, proč ji rentgen v tom krystalu neviděl) a nic důležitého nedělá. Netvrdím, že to tak je, ale být to tak může a s Vašimi daty si netroufnu tvrdit ani jedno. Možná by se věc trochu vyjasnila, kdyby se spočítala nějaká dynamika, kdo ví?

              4) Zkusme trochu mimo Vaše hlavní zaměření. Zkusil byste vymyslet nějaký důvod (hypotézu), proč mají letouni mimořádně kvalitní imunitu?

            • #24708 Odpovědět
              Vítězslav Havlíček
              Host

              1a) Větší relevanci má rozhodně větší prostorová blízkost.

              3) Děkuji za návrh. Budu se tím snažit dále zabývat a budu to brát v potaz.

              4) Jak jsem již uváděl v práci, hlavním důvodem jejich výjimečnosti může být vysoká teplota těla a unikátní styl života (hibernace, aktivní let). Laicky řečeno, díky vysoké teplotě těla mohou mít letouni vyšší rezistenci vůči virům, protože se jedná pro viry o nehostinné prostředí. Letouni tak mají čas se virům evolučně přizpůsobit.

            • #24713 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              1a) Těžko říct takhle obecně, ale v zásadě asi ano.

              4) Ano, to je v práci a určitě to vliv má. Kolega zde přišel ještě s nápadem, že by to mohlo souviset s jejich způsobem života. Jsou to poměrně dost sociální zvířata a takovým se dost hodí mít kvalitní imunitu. Další selekční tlak tímhle směrem by mohla být jejich dlouhověkost. Jsou to tak klasičtí K-stratégové, kterým se do obranyschopnosti vyplatí investovat.

              Děkujeme za odpovědi, jsme spokojení

            • #24720 Odpovědět
              Vítězslav Havlíček
              Host

              Také moc děkuji, obhajoba pro mě byla velmi přínosná. Letouni jsou nesmírně zajímavá, důležitá a jedinečná zvířata. S panem kolegou souhlasím a je to zajímavá myšlenka. Hypotéz je mnoho a zdá se, že za jejich výjimečnou imunitu může snad hned několik faktorů.

      • #24715 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host

        Úvod poměrně jasně a stručně pojednávající o vzteklině a jejím původci i o několika relevantních buněčných receptorech se dobře čte a je vhodně doplněn názornými obrázky, ovšem podle mého názoru by si zasloužil doplnit i o kapitolu uvádějící čtenáře do problematiky bioinformatiky a proteinového modelování. Vytknul bych zde i několik nevhodných (uhlohydráty) či až zavádějících formulací (vazba mezi hydrofilními a hydrofobními skupinami aminokyselin). Ostatně už sám název práce lehce evokuje, jako by úloha receptoru mGluR2 byla umožnit vstup viru do buňky.
        Autor stanoví hypotézu, ze které pak vyvodí jasně definované cíle práce.
        Kapitola Materiál a metody seznamuje s použitým softwarem, servery a databázemi a vcelku jasně vysvětluje použitý postup práce, kdy ne vždy souhlasím s postupy, ovšem to může být dáno mým nedostatečným povědomím o dostupných zdrojích. Výhrady bych zde měl asi jen ke schématům vysvětlujícím průběh modelování na jednotlivých serverech. Jde ale o obrázky převzaté z literatury, takže to není úplně výtka autorovi.
        Samotné výsledky práce jsou prezentovány opět jasně a přehledně. Během čtení jsem ale znejistěl, jestli se autor dostatečně seznámil s modelem, který použil jako výchozí strukturu pro homologní modelování, protože výsledek prezentovaný jako zásadní nepovažuji osobně za nijak jistý a ve svých otázkách se budu snažit autora přesvědčit, aby si své závěry ještě jednou promyslel.
        Kapitola Diskuze pak má světlé i slabé stránky. Práce je zasazena do širšího kontextu, ovšem někdy jsou odkazované práce použity podle mého názoru poměrně účelově v ne úplně logických souvislostech.
        Práci celkově pokládám za povedenou, i když bych trochu mírnil jistotu, se kterou jsou výsledky předkládány.

    • #23841 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Veronika Musílková
      Škola: Gymnázium Christiana Dopplera
      Název práce: Vliv VEGF růstového faktoru na diferenciaci kmenovýh buněk směrem k hladkému svalu
      Prezentace: Neveřejná

      • Odpověď byla upravena 3 měsíci, 2 týdny uživatelem tomas.
      • #24096 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host
        1. V kapitole 3.3.3 Reverzní transkripce máte následující tvrzení: “mRNA je vysoce nestabilní a nelze ji proto přímo použít i k provedení RT-PCR”. mRNA za nestabilní považovat lze (dokázala byste říct proč?), ale nesouhlasím s uvedenou kauzalitou, že je to důvod, proč nelze použít přímo k RT-PCR, to má jiný důvod. Víte jaký?
        2. V grafech na obr. 4.1, 4.2 a podobných máte na ose y “relativní exprese mRNA”. K čemu se vztahuje, když je relativní?
        3. Proč pro RT používáte náhodné hexamery? Jaké by byly jiné možnosti?
        • #24205 Odpovědět
          Veronika Musílková
          Host

          3) Námi požívná metoda je metoda tzv. random primerů. Nemusí to být přímo hexamer, může se jednat také o oktamer a pod. Dají se používat i oligo dT nukleotidy. Každý z těchto dvou systémů má své výhody. Pomocí oligo dT se pracuje s geny, které mají na začátku polyA sekvenci. Ovšem tato polyA sekvence je často velmi křehká může se ulámat. Z toho důvodu jsme vybrali stanovení pomocí random primerů. Právě hexamerů jsme užili proto, že je výrobce kitu Qiagene přímo doporučil pro provedení pokusu. Případně se dá užít metoda kombinující oba typy primerů.

        • #24220 Odpovědět
          Veronika Musílková
          Host

          2) Hodnoty se vztahují k tzv. referenčnímu genu, neboli house keepingu (úklidovému genu). Takových genů, kterých se v buňce exprimuje reltivně stabilní a veliké množství je více, např.: GAMDH, ACTB, YVHAZ, TBP, B2M, S18. Pro daný soubor vzorků je třeba vybrat referenční gen optimální. Pro náš pokus jsme vybrali B2M (beta 2 mikroglobulin). Výsledek je potom podíl exprese sledovaného genu ku referenčnímu. Počítá-li se v logaritmické stupnici, jedná se o jejich rozdíl. Při metode delta delta CT, se výsledná hodnota vztahuje ještě ke kontrolnímu vzorku, ale toho jsme v pokusu nepoužili.

          • #24236 Odpovědět
            Daniel Kavan
            Host

            Výborně, hezké odpovědi. K tomuhle se ještě zeptám, jaká je tu hodnota toho referenčního genu? 100 jako procentně, nebo 1 jako jeden celek? Nebo ještě jiná?

            • #24291 Odpovědět
              Veronika Musílková
              Host

              hodnota referenčního B2M je reálně naměřená stejným způsobem jako hodnoty všech sledovaných genů, tedy metodou RT-PCR. Pro každý vzorek vztáhneme hodnotu sledovaného genu ke genu referenčnímu, jehož hodnota platí právě pro daný vzorek. Jednotlivé vzorky totiž nemusí být stejně koncentrované.
              Kdybychom chtěli počítat s absolutní koncentrací (nikoliv relativní), museli- bychom koupit ke každmu genu standardní vzorek o známé koncentraci a porovnávat ho s koncentrací sledovaného genu ve všech vzorcích (výpočet trojčlenkou). Námi zvolená metoda je běžně užívaná, neboť je levnější. Nemusíme tak kupovat standart pro každý z námi sledovaných a měřených genů.
              Pokud by se to metodou delta delat Ct vztahovalo ke vzorku kontrolnímu (vzorku v čase 0 nebo vzorku bez růstových faktorů apod.), pak by hodnota kontrolního v zorku byla stanovena buď jako 1 nebo jako 100 %. Ostatní vzorky by pak byly násobky a díly této kontrolní hodnoty.

            • #24428 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              Ano, tomu rozumím, jen podle Vašich rozsahů nevím, jestli exprese referenčního genu byla 1 nebo 100? V jednom případě máte hodnoty kolem 100 a ve druhém kolem 1. Jinými slovy: byla exprese KDR přibližně sejná, jako referenční gel, nebo setinová?

            • #24586 Odpovědět
              Veronika Musílková
              Host

              hodnotu koncentrace referenčního genu, ketrý mívá ze všech sledovaných genů hodnoty nejvsšší, jsme pro vhodnost rozsahu grafu dělili tisícem. Tedy hodnota exprese KDR je vůči referenčnímu genu tísícinová. Děkuji za vhodnou připomínku, příště tuto skutečnost doplním do metod nebo do popisky.

        • #24244 Odpovědět
          Veronika Musílková
          Host

          1)mRNA je nestailní z toho důvodu, že podává v buňce informaci o okamžitém stavu. Nutí tak buňku k okamžité reakci a syntéze proteinu, který kóduje. Kdyby byla stabilní, došlo by k jejímu hromadění v buňce a celý proces proteosyntézy by se zahltil.
          Tu kauzalitu jsem zamýšlela tak, že při provedení prvního cyklu RT-PCR by se RNA po denaturaci rozložila. Máte pravdu v tom, že základním důvodem použití retranskrypované formy DNA je především její schopnost tvořit dvoušroubovici. Tato vlastnost pak umožňuje opakovanou duplikaci sledovaného genu v průběhu mnoha cyklů (většinou 40) při metodě RT-PCR.

          • #24281 Odpovědět
            Daniel Kavan
            Host

            Tady si dovolím polemizovat. RNA jako sloučenina není nijak výrazně nestabilní. S hromaděním v buňce a nutností mRNA odstraňovat máte pravdu, není to ale samovolný děj, buňka to dělá aktivně pomocí RNáz.
            Jaký enzym (a teď nemyslím komerční název, ale jeho aktivitu/vlastnosti) při RT-PCR používáte? Je tento enzym schopný použít jako templát RNA?
            Co se týká dvoušroubovice, podívejte se na strukturu tRNA, taky tam nějakou tu dvoušroubovici najdete.

            • #24366 Odpovědět
              Veronika Musílková
              Host

              Ano, rozklad probíhá enzymaticky. Proto se do reakční smšsi RT-PCR zpravidla přidávají i inhybitory RNáz.
              Při RT-PCR se jako enzym používa termostabilní DNA- denepndentiní DNA- polymeráza (je DNA- dependentní, tedy předpokládám, že jako matrici užívá výhradně, nebo převážně DNA). Na základě toho mě tedy ještě napadá jeden důvod použití DNA jako templátu. Vím, že existuje DNA-denedentní RNA-polymeráza, ale o existenci RNA-dependentní RNA-polymerázy nevím. Taky by se možná těžko hledala termostabilní.

            • #24461 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              Ano, to jsem měl na mysli, výborně.

            • #24507 Odpovědět
              Veronika Musílková
              Host

              děkuji za navedení ke správné odpovědi

            • #24473 Odpovědět
              Veronika Musílková
              Host

              co se týče dvouvláknových úseků struktury tRNA, tak ta vzniká na základě komplementarity bází jednotlivých úseků rRNA. Tvoří tak specifickou strukturu „trojlístku“.

            • #24539 Odpovědět
              Veronika Musílková
              Host

              pardon, oprava překlepu: co se týče dvouvláknových úseků struktury tRNA, tak ta vzniká na základě komplementarity bází jednotlivých úseků tRNA. Tvoří tak specifickou strukturu „trojlístku“. Domnívám se, že tyto komplementární báze nejsou v úseku tRNA kódující. Hlavním funkčním prvkem tRNA je antikodon.

            • #24573 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              Ano, to máte pravdu, moje reakce směřovala k Vaší zmínce o schopnosti DNA tvořit dvoušroubovici. Není to specifikum DNA, umí to i RNA. A ano, máte pravdu, konkrétně u tRNA je to strukturní záležitost.

      • #24596 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host

        Pěkné odpovědi, jsem spokojený, ale byla byste první, tak zkusím ještě pro zajímavost:

        4) Proč se před odběrem vzorků v dynamickém systému zvyšuje frekvence natahování?

        5) V dynamickém systému nejsou první den výsledky moc konzistentní, stačí další odběr jen pátý den a jen v jednom čase?

        • #24627 Odpovědět
          Veronika Musílková
          Host

          4) Můžeme zjišťovat jednak stabilní míru exprese měřenou po dlouhém časovém úseku ve stejných podmínkách (jako jsme to stanovovali v případě výběru média den 7 a den 14) nebo je možné sledovat míru exprese bezprostředně následující po změně podmínek, protože buňka reaguje na změnu podmínek okamžitě. Na základě její reakce V krátkém časovém úseku jsme právě zjistili rozdíl v reakci buněk pěstovaných v přítomnosti nebo nepřítomnosti VEGF. (do budoucna chceme bychom rádi měřili míru exprese genů i v kratším časovém úseku- 5 min od zvýšení frekvence natahování. Optimální by bylo zachytit celý průběh změny exprese po zvýšení dynamické stimulace, to by byla ovšem velmi náročná práce.)
          V práci SOČ jsem nediskutovala o tom, proč k této krátkodobé změně exprese dochází (nebť jsem měla naměřeno málo experimentálních bodů), ale spokojila jsem se s konstatováním, že k ní vlivem VEGF došlo.
          Změnu si vysvětlujeme tak, že po delší kultivaci v dynamickém systému jsou buňky v přítomnosti VEGF diferencovanější a dokáží si proto udržet vyšší hladinu exprese genů pro marker hladkého svalu kalponin i za náročnějších podmínek (zrychlení frekvence natahování).

        • #24654 Odpovědět
          Veronika Musílková
          Host

          5) Změna exprese po zvýšení frekvence nebo po jiném podstatném stymulu má svůj rychlý nárůst a pokles. K tomu, aby byl přesně zachycen, je třeba většího množství experimentálních bodů po kratších časových úsecích.
          Odebírání vzorků po kratších časových úsecích je práce experimentálně i finančně velmi náročná. Proto jsme se omezili na konstatování, že jsme zjistili změnu vlivem VEGF a tedy že má cenu se tímto tématem zabývat.
          V práci tedy budu i nadále pokračuji. Tento podrobný průběh bychom do budoucna rádi změřili v námi vytipovaném optimálním diferenciačním médiu DMEM + TGF beta + BMP4 a srovnali ho s některými dalšími médii. Ve výsledku bychom tak získali podrobnější informace o průběh změny exprese i dalších markerů hladkého svalu. Doufáme, že bychom zachytili i markery pozdní diferenciace (těžké řetzce myosinu 11). Metodou RT-PCR totiž lze zachytit expresi genů pro proteiny daleko dříve, než dojde k samotnému uspořádání do proteinových struktur.

          • #24657 Odpovědět
            Daniel Kavan
            Host

            Aha, výborně, díky moc, jsme spokojení.

      • #24671 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host

        Práce začíná velmi stručným uvedením do problematiky, ze kterého jsou přirozeným způsobem a logicky vyvedeny dva hlavní cíle práce, pak následuje porobnější teoretické pojednání, které stručně a jasně pokrývá všechny oblasti související s prací samotnou. Pokud bych měl této kapitole něco vytknout, tak snad jedině její členění, což ale může být značně subjektivní pohled.
        Následující kapitola se jmenuje Materiál a metody, ovšem neobsahuje žádný souhrn použitého materiálu a k popisu některých metod mám výhrady. Myslím, že něco jako překlad návodu k použití přístroje (i když, pravda, jen jako legenda k obrázku) není zcela na místě. Za závažnější nedostatky považuji například formulaci “20 minutovou inkubací v roztoku TRIS”, nebo třeba neuvedení jasného složení směsi pro RT-PCR.
        Kapitola Výsledky a diskuze obsahuje především výsledky, ale i náznaky diskuze se najít dají. Výsledků je zde poměrně hodně, ale jsou předkládány logicky a konzistentně, takže nečiní poťíže se v nich vyznat.
        Samostatnou zmínku věnuju referencím, protože některé z nich nejsou řešeny úplně šťastně a tak se několik různých skrývá za stejným označením v textu (NCBI 2020), přičemž v seznamu jsou zařazeny pod jiným heslem.
        I přes zmíněné nedostatky se podle mého názoru jedná o velmi povedenou práci.

    • #23842 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Aneta Pouková
      Škola: Gymnázium Česká Třebová
      Název práce: Enzym polysacharid-lyáza produkovaný houbou Fistulina hepatica a jeho aktivita na biologicky aktivních polysacharidech
      Prezentace: YouTube

      • #24105 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host
        1. Proč se aktivita na kyselině hyaluronové zkoušela zcela jinou metodou, než u ostatních polysacharidů?
        2. Jaký byl použitý hmotnostní spektrometr. Produkty štěpení byly určeny jen ze změřených hmot, nebo se prováděla i nějaká fragmentace?
        3. Dokážete mi blíže popsat graf 1 a 2? Co je na obrázku, co ukazujou jednotlivé osy?
        • #24323 Odpovědět
          Aneta Pouková
          Host

          Dobrý den, zasílám odpovědi na otázky poroty:
          1)Proč se aktivita na kyselině hyaluronové zkoušela zcela jinou metodou, než u ostatních polysacharidů?

          Aktivita enzymu na kyselině hyaluronové již byla v minulosti testována, experiment, který jsem prováděla, byl pouze ověřovací. Nebylo už tedy nutné zjišťovat konkrétní délku oligosacharidů kyseliny hyaluronové, které vznikly štěpením. Aktivita enzymu na chondroitin sulfátu a na xanthanové gumě předtím nikdy testována nebyla, a proto byla zvolena odlišná metoda, která kromě důkazu aktivity poskytuje i informaci o délce naštěpených oligosacharidových fragmentů.

          2)Jaký byl použitý hmotnostní spektrometr. Produkty štěpení byly určeny jen ze změřených hmot, nebo se prováděla i nějaká fragmentace?

          Produkty štěpení byly určeny z porovnání grafů stěpné aktivity. Na otázku, který konkrétní hmotnostní spektrometr byl použit, bohužel neumím odpovědět, tento test byl proveden na jiném oddělení a já jsem byla pouze seznámena s výsledkem.

          3)Dokážete mi blíže popsat graf 1 a 2? Co je na obrázku, co ukazujou jednotlivé osy?

          V obou případech můžete vidět graf testu kontrolního vzorku a graf vzorku s aktivním enzymem. V grafu aktivního vzorku chondroitin sulfátu jsou určité píky, které byly určeny jako vrcholy detekující enzymatickou aktivitu. Konkrétně jde o vrcholy 10,38; 14,26; 15,52 a 18,24. Tyto vrcholy se v porovnání s grafem kontrolního vzorku ChS liší, jsou vyšší, což značí příbytek produktů. První dva z těchto vrcholů označují příbytek oligosacharidu ChS s molekulovou hmotností 378 Da. Druhé dva vrcholy ukazují příbytek oligosacharidu ChS s molekulovou hmotností 458 Da. U testu aktivity na xanthanové gumě podobné vrcholy nepozorujeme.
          Svislá osa označuje množství látek s danou molekulovou hmotností a z vodorovné osy lze vyčíst délku sacharidu, tedy zda se jedná o disacharid, tetrasacharid a tak dále, a také molekulovou hmotnost konkrétního oligosacharidu.

          • #24544 Odpovědět
            Daniel Kavan
            Host

            3) To je víceméně uvedeno i v práci. Věděla byste, co znamenají ta čísla 10,38; 14,26; 15,52? Mají nějakou jednotku? Jak z čísla na ose x vymyslím hmotnost?

            • #24682 Odpovědět
              Aneta Pouková
              Host

              3) Čísla označují čas v minutách, po který se oligosacharid objeví v grafu. Tento čas je závislý na délce oligosacharidu. Menší produkty jsou zobrazeny rychleji, větší pomaleji. Píky pro menší produkty se nacházejí v levé části grafu, tedy v té, která nás především zajímá.

            • #24695 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              Výborně, to je ono. Tomu, co nazýváte grafem, se běžně říká chromatogram a je to časový záznam průběhu chromatografie.

              Vychází mi tady tím ale ještě jedna podivnost, jak to, že Vám jedna látka z kolony vyteče ve dvou různých časech?

              Citace z práce: „Konkrétněji, píky v bodech 10,38 a 14,26 registrují nenasycený chondroitin sulfátový oligosacharid s chybějící skupinou SO3 a hmotností 378 Da. Další zřetelné vrcholy detekujeme při vrcholech 15,52 a 18,24, které ukazují chondroitin sulfátový oligosacharid s hmotností 458 Da a s dvojnou vazbou.“

            • #24711 Odpovědět
              Aneta Pouková
              Host

              Mohlo by to být způsobeno tím, že ionty interagují se stacionární fází a v průběhu chromatografie může docházet ke změně polarity. Ale, jak už jsem řekla, tuto metodu jsem neprováděla přímo já, byla jsem pouze seznámena s výsledky, detaily o průběhu chromatografie tedy bohužel úplně neznám.

            • #24718 Odpovědět
              Daniel Kavan
              Host

              Těžko soudit, když nevíme moc o tom měření, ale pokud jde o jednu a tu samou látku, tak nevěřím, že leze nadvakrát. Jsem přesvědčený, že je to nějaký izomer se stejnou hmotností, ale jinou strukturou, to by právě mohla objasnit nějaká fragmentační spektra.

              Děkujeme za odpovědi, jsme spokojení.

      • #24719 Odpovědět
        Daniel Kavan
        Host

        Práce začíná stručným uvedením do problematiky s následným formulováním cílů.
        Dále pokračuje teoretickou částí, zvlášť pro materiální a zvlášť pro metodickou část. Jednotlivé popisy jsou ale místy podle mě až příliš stručné a tím málo srozumitelné. Některá použitá terminologie mi připadá také poněkud netradiční.
        Kapitola Materiál a metody obsahuje přehledné tabulky se složením použitých médií, nicméně neobsahuje zmínku o některých použitých přístrojích (např. LCMS). Některé metody jsou popsané opět příliš povrchně s poněkud zvláštní terminologií.
        V podstatě totéž se dá napsat o výsledcích, které jsou uvedeny někdy bez vysvětlení. Nechápu například použití zásadně jiné metody pro sledování aktivity extraktu pro kyselinu hyaluronovou a ostatní polysacharidy. Obrázky s výsledky (např. Graf 1) jsou špatně pospané, neuvádí, co je na jednotlivých osách. Při vyhodnocování MS jsou zmiňované hmotnosti, aniž by bylo nějak jasné, jak se k nim přišlo, a přes velkou snahu jsem se nedopátral správného řešení.
        Kapitola Závěr a diskuze je pak spíš shrnutí již uvedeného.
        Je škoda, že jinak zajímavá práce není odprezentovaná lépe. Zajímalo by mě, jaký vliv na tento fakt má to, že byla prováděna v rámci stáže v komerční firmě, zatímco drtivá většina podobných prací bývá vedena akademickými pracovišti.

    • #23844 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Jan Lukovský
      Škola: Wichterlovo gymnázium
      Název práce: Poodhalení vzájemné příbuznosti krevet komplexu Periclimenes s. l.
      Prezentace: YouTube

      • #24074 Odpovědět
        Jaroslav Koleček
        Host

        1. Na str. 13 zmiňujete průhlednost některých druhů krevet. Proč je tato adaptace mnohem častější u vodních, než u suchozemských organismů?
        2. Zkuste prosím popsat mechanismus, jakým krevety přizpůsobují své zbarvení aktuálnímu prostředí.
        3. Různé zdroje uvádí cca 120-150 druhů rodu Periclimenes, ve stromu prezentovaném na obr. 12 je ovšem druhů výrazně méně. Můžete prosím vysvětlit, proč?

        • #24261 Odpovědět
          Jan Lukovský
          Host

          1. Je to způsobeno tím, že ve vodě je průhlednost vhodnější pro kamufláž, než na souši, protože voda a ostatní transparentní materiály mají mnohem vyšší index lomu světla než vzduch, takže na vzduchu jsou kvůli tomuto lomu světla více nápadné než ve vodě. Na otevřeném moři je také málo předmětů za kterými se schovat nebo se kterými splynout, takže mají často živočichové žijící v pelagiálu méně možností na kamufláž.
          2. Nejsem si jist, pokud jsem správně pochopil otázku. Zbarvení u krevet se přizpůsobuje evolucí přirozeným výběrem, takže kreveta, která vypadá podobněji jako svůj hostitel (/své prostředí) přežije spíš než jeho příbuzní a tím spíše přežije a předá své geny na toto zbarvení svým potomkům. Některé krevety (například druh Typton carneus) pravděpodobně získávají své zbarvení aktivně tím, že požírají svého hostitele (viz. kapitola 2.2.1 mé Sočky)
          3. Má to více důvodů. Jedním z nich bylo to, že daná práce měla sloužit jako základ pro další práce na toto téma, vybrali jsme tedy pouze několik skupin, abychom dostali představu které skupině bychom měli věnovat v následujícím výzkumu. Dalším důvodem je důvod praktický, protože by bylo náročné sehnat vzorky jedinců každého druhu a pro naše účely tedy stačil pouze určitý výběr. A posledním důvodem je, že některé naše vzorky byly pravděpodobně staré nebo s nekvalitní DNA a geny se v některých případech nenaamplifikovaly nebo se tomu tak stalo nekvalitně. Ovšem s panem profesorem Ďurišem již domlouváme rozšiřování daného fylogenetického stromu a on mi pomáhá se sháněním nových vzorků a nových druhů.

          • #24310 Odpovědět
            Jaroslav Koleček
            Host

            Děkuji za odpovědi, s vysvětlením ke třetí otázce jsem spokojen, k 1. a 2. mám ještě doplňující dotazy.
            Ad. 1. Máte pravdu. Zjednodušeně řečeno by se na vzduchu díky rozdílu v indexech lomu „leskly“. Napadá Vás ještě jiné vysvětlení?
            Ad. 2. Děkuji, asi jsem otázku neformuloval zcela jednoznačně. Měl jsem na mysli mechanismus na buněčné úrovni. Pokud ještě zkusíte doplnit, budu rád. Pozn. pod čarou „viz“ není zkratka a nepíše se za ním tudíž tečka (viz též práce).

            • #24587 Odpovědět
              Jan Lukovský
              Host

              Doplnění k otázce č. 2. Pigmentace krevet je z velké části tvořena karotenoidy, které si ovšem krevety nejsou schopny syntetizovat a tak jsou nuceny je získávat ze své potravy. Tyto pigmenty mají uložené v chromatoforech nebo v některých případech i v exoskeletu.
              -Doufám, že jsem vám tímto na vaši otázku odpověděl 😀

            • #24599 Odpovědět
              Jaroslav Koleček
              Host

              Děkuji. Otázka mířila k přizpůsobování – změnám zbarvení (viz výše). Ve Vámi správně zmíněných chromatoforech dochází k pohybu pigmentů, jejich roztahování a stahování.
              Ještě mám doplňující otázku – proč asi u studovaných krevet neodráží morfologie fylogenezi?

            • #24648 Odpovědět
              Jan Lukovský
              Host

              Může to být způsobeno tím, že morfologie symbiotických krevet se hodně odráží od toho, s jakým hostitelem žijí v symbióze. Určité morfologické znaky se totiž hodí k životu s určitým druhem a jiné se zase hodí ke druhům z jiných skupin (viz kapitola 2.2 mé Sočky). Jde tady tedy často o konvergentní evoluci morfologických znaků, takže pokud bychom se snažili dělat taxony podle společných znaků, tak by nám mohly vzniknout polyfyletické skupiny, které sice mají podobné znaky, ale ty nejsou způsobené příbuzností, ale podobným typem hostitele. Na druhou stranu i příbuzné druhy si nemusí být podobné kvůli tzv. (a u těchto krevet relativně častému) Host-switchingu, kdy druh, v průběhu evoluce, změní svého hostitele a přizpůsobí se mu i morfologicky. Pokud bychom v tomto případě řadili skupiny podle morfologie, vznikaly by nám parafyletické taxony, které by neobsahovaly druh, který se v průběhu evoluce přizpůsobil na jiného hostitele.

            • #24632 Odpovědět
              Jan Lukovský
              Host

              Doplnění k otázce č. 1. Další vysvětlení, které mě napadá, že by mohlo ovlivnit počet průhledných druhů, žijících v moři je průhlednost mořské vody. Většina světla, která do mořské vody dopadá je pohlcena v několika prvních desítkách metrů hloubky. Nižší světelnost tedy mohla způsobit nižší evoluční tlak na pigmentaci a kamufláž, což mohlo způsobit, že se v moři vyvinulo více druhů, které jsou bez pigmentace (protože různé zbarvení bývá energeticky náročné a je často evolučně výhodnější se jej zbavit, když není zapotřebí). Tento faktor ovšem ovlivňuje pouze živočichy, kteří žijí ve větší hloubce (a nevztahuje se tedy na mé krevety, žijící v okolí korálových útesů) a pouze u menších živočichů se projevuje ztráta pigmentace průhledností.
              Další důvod, který mě napadl, se týká spíše složení mořské fauny. Spousta mořských živočichů, kteří jsou průhlední má „želatinové“ tělo (medúzy, atd.), které je tvořeno z velké části vodou a tak jim dovoluje jakýsi stupeň průhlednosti. Na souši je tento typ materiálu nevýhodný pro stavbu těla. Tento důvod ovšem zase ovlivňuje pouze určitou skupinu živočichů a nevztahuje se na krevety rodu Periclimenes.
              Tyto důvody nejsou úplně univerzální, ale určitě ovlivňují zastoupení mořských živočichů mezi zvířaty, které jsou průhledné.

            • #24677 Odpovědět
              Jaroslav Koleček
              Host

              Děkuji za promyšlené odpovědi, jsem s nimi spokojen (líbí se i kolegovi, kterého zajímala ta morfologie).
              U průhlednosti literatura uvádí ještě ochranu před UV zářením – ta je nezbytná hlavně v suchozemském prostředí a pigmentace je zde proto nutná i z tohoto důvodu.

              Ještě jednou tedy děkuji za diskuzi, na konci vlákna pak najdete souhrnnější hodnocení (reagovat už není nutné). Sledujte prosím ještě i hlavičku fóra, kde se mohou objevit další organizační informace.

            • #24697 Odpovědět
              Jan Lukovský
              Host

              Chtěl bych vám také poděkovat za otázky a ohodnocení.
              S přáním hezkého dne
              Honza Lukovský.

      • #24710 Odpovědět
        Jaroslav Koleček
        Host

        Souhrnné hodnocení práce:

        1. Úvod čtenáři nabízí stručný taxonomický přehled rodu Periclimenes následovaný přehledem adaptací a specifik biologie krevet a doprovodnými fotografiemi. Je psán poměrně svižně, ovšem postrádá vyústění v cíle a studované otázky.

        2. Metodika je příliš stručná – chybí řada podstatných detailů. Vzorek je definován jen obecně a není jasné, jakými druhy a v jakém poměru byly jednotlivé oblasti zastoupeny. Vždy je nutné metodiku psát tak, aby podle ní kdokoli mohl práci zopakovat.

        3. Výsledkům dominuje fylogenetický strom rodu Periclimenes doplněný stručným popisem a dalšími převzatými fotografiemi s ukázkami jednotlivých druhů.

        4. Stejně jako metodika, také diskuze a zejména závěr jsou dosti stručné. V diskuzi se autor zamýšlí nad získanými výsledky, avšak jen sporadicky je konfrontuje s publikovanými poznatky.

        5. Přes uvedené nedostatky oceňuji, že se práce drží tématu a nerozebírá nepodstatné (bohužel však ani některé podstatné) detaily.

        Ať se Vám v další práci daří!

    • #23846 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Jaroslav Pánek
      Škola: Střední lesnická a Střední odborná škola Šluknov
      Název práce: Video průvodce výcvikem poštolky obecné (Falco tinnunculus)
      Prezentace: YouTube

      • #24103 Odpovědět
        Jaroslav Koleček
        Host

        1. Nejednoho biologa jistě zaujme definice kondice jako ochoty dravce spolupracovat se sokolníkem. Samotné pelichání je pro ptáka energeticky náročný proces – je tedy „ochota spolupracovat“ důsledkem potřeby zvýšeného příjmu potravy, nebo máte (i) jiné vysvětlení?
        2. V textu zmiňujete i káni Harrisovu. Podle jakých znaků byste od sebe odlišil sokolovitého a jestřábovitého dravce?
        3. Ve velikosti mláďat poštolky v hnízdě bývají často značné rozdíly. Čím je to způsobeno?

        • #24267 Odpovědět
          Jaroslav Pánek
          Host

          1.V období přepeřování se dravci ukládají do přepořovacích komor a v klidu bez denního vícvik se nechají přepeřit. V toto období mají kvůli růstu opeření zvýšený příjem z důvodu dostatku potřebných látek pro vytvoření kvalitních per. Fakt že se s dravci v toto období nepracuje podpořuje i to že dravci nemají některá péra chybý a to snižuje jeho obratnost.

          2. Hlavním rozdílem je již stavba těla. Jestřábovití mají kratší křídla, a delší rýd. To jim dovoluje mít velkou akceleraci a obratnost v porostech nebo nízko nad zemí. Sokolovití mají naopak kratší rýd a dlouhá křídla, která jim dovolují dlouho kroužit a a ve volném prostoru dosáhnout vysoké rychlosti.

          3. Velikost může už u mláďat ovlivňovat pohlaví, kdy samice je zpravidla větší. Dalším aspektem je pořadí narození. Mláďata co se narodí dřív mají tendenci utlačovat ostatní. Dále pak genetika.

          • #24550 Odpovědět
            Jaroslav Koleček
            Host

            Děkuji za udpovědi, mám ještě doplňující dotazy ke dvěma otázkám.
            Ad. 2. Souhlasím s výjimkou (klasického pomalého) kroužení, které je častější spíše u jestřábovitých (viz orli, káně aj.). Napadá Vás i nějaký rozdíl v morfologii zobáku?
            Ad. 3. Rozdíly ve velikosti jsou u mláďat samců a samic v hnízdě docela ošemetné (záležet bude spíš na rychlosti růstu v závislosti na krmení, bude tam tudíž velká proměnlivost). Pořadí líhnutí je zcela jistě tím hlavním důvodem. Jak tedy dochází k tomu, že je mezi mláďaty dravců v hnízdě běžně několikadenní věkový rozdíl? Aneb co dělají pěvci jinak, že se jim mláďata líhnou přibližně ve stejnou dobu?

            • #24656 Odpovědět
              Jaroslav Pánek
              Host

              2. Jestřábovití mají zobák delší, zatím co sokolovití mají zobák krátký a zahnutý, který je zakončeným Tzv. zejkem kterým kořist úmrtí.

              3. Dle mého názoru je to zejména z důvodu potravní nabídky, kdy mláďata jsou v obzvláště v prvních dnech jsou velmi náročné na množství potravy. Oproti dravců mají větší potravní nabídku.

            • #24691 Odpovědět
              Jaroslav Koleček
              Host

              Děkuji. Správně, sokoli mají zejk, jen upřesním, že zejk je výběžek po stranách zobáku a zobák je zakončen tzv. nehtem.
              Rozdíl ve velikosti mláďat je u dravců dán jednak tím, že samice nekladou vejce každý den, jako je běžné u pěvců, především ale začínají inkubovat často již v polovině snášení. Některá vejce už jsou tedy inkubována, jiná teprve samice snese. Pěvci naopak zpravidla začínají inkubovat až po snesení všech vajec, čímž tyto rozdíly odpadají.

              Ještě jednou tedy děkuji za diskuzi, na konci vlákna pak najdete souhrnnější hodnocení (reagovat už není nutné). Sledujte prosím ještě i hlavičku fóra, kde se mohou objevit další organizační informace.

      • #24706 Odpovědět
        Jaroslav Koleček
        Host

        Souhrnné hodnocení práce:

        1. V úvodu autor popisuje, jak se dostal k sokolnictví a proč si téma vybral.

        2. Následuje (pro plné porozumění jazyku práce nezbytný) slovníček sokolnických výrazů doplněný několika stranami obrazového materiálu. Ten je ovšem charakterem a rozsahem vhodnější do přílohy.

        3. V dalším přehledu problematiky zcela dominují sokolnické formulace (s občasnými překlepy) doplněné citacemi sokolnické literatury. Přestože je autorovi tato forma vyjadřování z pochopitelných důvodů blízká, prezentované informace by měly být zasazeny do biologického kontextu.

        4. Vysvětlování sokolnických pojmů pokračuje i v metodice, některé výrazy jsou doplněny rovněž autorovým komentářem, nicméně není vždy jasné, kde je hranice mezi (poněkud encyklopedickým) vymezením pojmů a popisem vlastní práce. Objevují se četná doporučení a rady, které se hodí spíše do diskuze v návaznosti na získané poznatky.

        5. Výsledky jsou přehledem vlastností a hmotností jednotlivých ptáků. Tabulkám chybí podrobnější popisky a grafům popisy os, metodika měření jednotlivých parametrů není v metodice dostatečně upřesněna a v kapitole není prezentován žádný text, který by se interpretací hodnot zabýval (o popisných a testových statistikách nemluvě).

        6. Diskuze a závěr jsou velmi stručné. V diskuzi zcela chybí práce s literaturou (v jejím přehledu je pouze několik položek) a přestože se autor alespoň krátce zamýšlí nad některými okolnostmi, jednotlivé myšlenky na sebe příliš nenavazují.

        7. Práce jednoznačně vyniká originalitou a nelze pochybovat o tom, že výsledkem autorova dlouhodobého intenzivního zájmu o problematiku. Výrazné (ale u podobných prací běžné) nedostatky v písemném zpracování kontrastují se zdařilým videoprůvodcem, který je hlavní částí samotné práce. I přes uvedené kritické připomínky tedy hodnotím autorovo úsilí kladně a nepochybuji o tom, že videoprůvodce najde své uplatnění i u dalších zájemců o sokolnictví.

        Pozn.: Pozor na výběr fontů – některé, zejména bezpatkové, neumí česká písmena s háčky a čárkami (viz titulní strana práce).

        Ať se Vám v další práci daří!

    • #23847 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Vojtěch Vyskočil
      Škola: Gymnázium, Šumperk, Masarykovo náměstí 8
      Název práce: Vliv silniční dopravy na abundanci želvušek
      Prezentace: YouTube

      • #24145 Odpovědět
        Jaroslav Koleček
        Host

        1. Na str. 14 uvádíte, že hlavními podmínkami pro život želvušek jsou přítomnost kyslíku, vody a vhodné potravy. Jak se dovedou želvušky vypořádat s nedostatkem kyslíku ve vodním prostředí, aniž by upadly do anabiózy?
        2. Přestože rodové složení se lišilo podle typu silnice, analýza vysvětlila pouhá 3 % variability. Jaké jiné faktory mohly hrát v rozdílech rodového složení roli (a vysvětlit větší podíl variability v datech)?
        3. Proč je na grafech 2 a 4 frekvence aut. dopravy jen do 6 aut za hodinu, když bylo na řadě lokalit zjištěno výrazně přes 100 aut za hodinu?

        • #24343 Odpovědět
          Vojtěch Vyskočil
          Host

          Dobrý den,

          1) Želvušky nemají dýchací orgány a dýchají celým povrchem těla. Domnívám se, že vzhledem k tomu, že ve vodě je obsaženo velké množství kyslíku, dokáží díky velmi malému povrchu těla tento kyslík využít a tím neupadnout do anabiózy (v tomto případě do anoxibiózy). Alespoň takto to funguje i u jiných organismů.

          2) Pro živé organismy obecně platí, že jsou ovlivněny faktory jako je například vlhkost, teplota, typ biotopu,… Spoustu variability vysvětluje tedy prostorové rozmístění. Vzhledem k tomu, že se želvušky vyskytují téměř všude, zabírají podobná místa, a tím se rodová složení želvušek překrývají.

          3) Jedná se o tiskovou chybu, na ose x se ve skutečnosti jedná o přirozený logaritmus původních hodnot. Tedy ln(420) rovná se přibližně 6.
          Většinou se tak upravuje osa y a tak jsem to tady u osy x zapomněl uvést. Rozdíl mezi 1 a 5 auty (rozdíl 4 auta) je zpětinásobení dopravy. Rozdíl mezi 101 a 105 je taky čtyři ale z hlediska dopravy je to rozdíl zanedbatelný. Logaritmus nám v tom pomůže – rozdíl mezi 1 a 10 je najednou stejný jako mezi 10 a 100. Kromě toho tam jsou většinou nižší desítky aut a pak najednou až 100 a 400, takže se nám to takto zdálo lepší a grafy přehlednější.

          • #24588 Odpovědět
            Jaroslav Koleček
            Host

            Děkuji za odpovědi.
            Ad. 1. Otázka mířila právě k nedostatku kyslíku (častější např. při probíhajících změnách klimatu). Želvušky jsou v takovém prostředí schopny roztáhnout se a zvětšit tak povrch těla, kterým mohou kyslík přijímat i při nižších koncentracích.
            Ad. 3. Děkuji za vysvětlení. Logaritmování má smysl a běžně se používá, jen je třeba to uvést nejlépe už v popisku osy.
            Dovolím si ještě doplňující dotaz ke statistice. Zmiňujete použití smíšených modelů, nicméně není uvedeno, která proměnná (proměnné) byla v těchto modelech náhodným efektem (případně proč).

            • #24624 Odpovědět
              Vojtěch Vyskočil
              Host

              Ještě jednou se omlouvám za tu chybu.
              Ve skutečnosti jsme použili je generalizované modely. Smíšené modely jsme použili v jiné části, kterou jsme pak nepoužili. Jako proměnnou jsme zvolili jednotlivé oblasti – cesty.

            • #24651 Odpovědět
              Jaroslav Koleček
              Host

              Děkuji za objasnění.
              Ještě poznámka k logaritmování – přirozený logaritmus má nevýhodu v tom, že hodnoty na ose nejsou příliš názorné (není snadné si hned představit, jaké číslo odpovídá které hodnotě na ose). Proto se obvykle pro zobrazení používá logaritmus dekadický, kde je hned jasné, že 2 odpovídá stu, 3 tisíci apod.

              Ještě jednou tedy děkuji za diskuzi, na konci vlákna pak najdete souhrnnější hodnocení (reagovat už není nutné).

            • #24662 Odpovědět
              Vojtěch Vyskočil
              Host

              Děkuji za Vaše upřesnění, určitě je to pro mě přínosné.

      • #24702 Odpovědět
        Jaroslav Koleček
        Host

        Souhrnné hodnocení práce:

        1. Úvod je podrobný a zabývá se všemi hlavními aspekty biologie želvušek. Hezky promyšlené hypotézy doporučuji prezentovat až na závěr obecného úvodu, aby čtenář věděl, z čeho vycházejí. Také doporučuji neklást si protichůdné hypotézy, ale formulovat hypotézu tak, aby případný “protichůdný” mechanismus odhalilo její testování.

        2. Oceňuji, že studie je založena na kombinaci terénní a laboratorní práce. Přesto mohla být zejména podkapitola o statistické analýze dat podrobnější – není např. uvedeno, jaké byly v modelech vysvětlované proměnné. To se čtenář dozví až z kontextu dalších kapitol. Pozor také na používání množného čísla při popisu metod – práce má jen jednoho autora (školitel se nepočítá). Vlastnímu designu studie a interpretaci výsledků by pomohlo rovněž srovnání s výsledky z kontrolních lokalit (např. větší počet nevyužívaných komunikací, řeky a jiné liniové prvky).

        3. Ve výsledcích autor bez balastu prezentuje hlavní získané poznatky. V obrázcích doporučuji (dle míry překryvu) zvýraznit překrývající se datové body, aby byla lépe patrná jejich souvislost s proloženými křivkami (definice křivek by měla být součástí popisku obrázku). V grafu 5 nejsou definovány chybové úsečky.

        4. Diskuze není pouhou rekapitulací výsledků, autor se v ní skutečně zamýšlí a hledá možné souvislosti. Přesto by jí slušela pečlivější práce s literaturou. Počet sledovaných lokalit byl relativně malý, určitý vliv na výsledky proto mohla mít náhoda, specifické podmínky některých lokalit, nebo jiné, neznámé faktory.

        5. I přes některé kritické poznámky hodnotím celou práci velmi kladně – autor prokázal schopnost úspěšně použít různé metody a výsledky vhodnou formou zpracovat.

        Ať se Vám v další práci daří!

    • #23848 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Adam S. Rákos
      Škola: Gymnázium a OA Mariánské Lázně
      Název práce: Vliv nanočástic na mikroorganismy
      Prezentace: YouTube

      • #24113 Odpovědět
        L. Falteisek
        Host

        1. Zdá se, že nanočástice připravené green syntézou mají mnohem silnější antibakteriální účinek než ty ostatní. Mohlo by to být působením rostlinných výluhů nebo nespotřebovaných iontů Ag? Jak by se to dalo ověřit?

        2. V pokusu, který jste provedl, mohla rezistence bakterií na NČ vzniknout jedině díky náhodnému vzniku a rozšíření nové mutace či jejich série, tedy analogií klasické evoluce. V přírodě však bakterie dosahují rezistence ještě jinak. Jak?

        3. Analogií “biologické” syntézy nanočástic je i barvení elektroforetických gelů stříbrem, které se používá ke zjištění malých koncentrací proteinů. Gely během srážení stříbra často nabíhají do různých barev (hlavně žluté a oranžové), které se během vyvolávání postupně mění na černou. Co je příčinou přechodného pestrého zbarvení?

        • #24430 Odpovědět
          Adam Rákos
          Host

          1. Rostlinné výluhy často vykazují antibakteriální vlastnosti, proto je velmi pravděpodobné, že antibakteriální vlastnosti nanočástic připravených greeen syntézou jsou jistým dílem způsobeny právě rostlinným výluhem. Nespotřebované ionty Ag by se na výrazných antibakteriálních vlastnostech nanočástic připravených green syntézou podílet mohly, ale dle mého názoru jsou výrazné antibakteriální vlastnosti způsobené zejména násobně vyšší koncentrací stříbra v porovnání s ostatními vzorky nanočástic. Nespotřebované ionty Ag by bylo možno stanovit argentometrickou titrací.
          2. Získáním genetické informace genu způsobující rezistenci vůči nanočásticím od jiného mikroorganismu např. horizontálním přenosem genetické informace.
          3. Příčinou přechodného pestrého zbarvení je pravděpodobně zformování stříbrných nanočástic. Nanočástice stříbra mají optické vlastnosti projevující se např. změnou zbarvení roztoku do barev v oblasti žluté, oranžové a hnědé. Následné obarvení vzorků na černo je způsobeno růstem nanočástic do rozměrů, kdy již optické vlastnosti nevykazují (př mikročástice).

          • #24562 Odpovědět
            Adam Rákos
            Host

            k otázce č. 2: Nespotřebované ionty Ag bych titroval dle Volharda, titroval bych tedy roztokem KSCN s použitím Fe(NH4)(SO4)2.12 H2O jako indikátoru a s přídavkem HNO3.

            • #24640 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              A odpověď na ot. 4?

          • #24566 Odpovědět
            L. Falteisek
            Host

            1. A jak rychle poznám, jestli je v roztoku Ag+?
            2. Přesně tak. Rezistence na ledacos se vyvinuly už dávno a teď se jen šíří.
            3. Ano. jde o rozptyl světla.

            Bonusová otázka za odměnu:
            4. Jaká je pozice “grampozitivních” a “gramnegativních” bakterií v současném systému prokaryot, založeném na evolučních vztazích? Má ještě dnes smysl rozdělovat bakterie podle této metody staré 136 let?

            • #24652 Odpovědět
              Adam Rákos
              Host

              1. Hned po přidání KSCN se v případě přítomnosti iontů stříbra vytvoří bílá sraženina a množství Ag iontů zjistím po dokončení titrace. Přítomnost Ag iontů zjistím prakticky okamžitě po přidání KSCN a množství Ag iontů lze stanovit do několika minut.

              4. Rozdělení bakterií na grampozitivní a gramnegativní smysl má, vyjadřuje to jisté vlastnosti daných bakterií z hlediska struktury membrány, ovšem nemyslím si, že je vhodné dávat toto rozdělení do souvislosti s fylogenetickým dělením organismů. Vzhledem k přenosu genů např. již zmíněným horizontálním genovým přenosem jsou jisté vlastnosti (včetně grampozitivity či gramnegativity bakterií) nezávislé na evolučním dělení.

            • #24669 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              1. OK. Taky lze např. přikápnout trochu roztoku NaCl.
              4. Ano, to je v souladu s učebnicemi, neprotestuju, jen si dovolím akademické upřesnění: dnes víme, že tzv. G+ bakterie tvoří malou část dievrzity bakterií, konkrétně 3 navzájem příbuzné kmeny (phyla) z cca 100 známých. Tlustá stěna je apomorfie, kterou tato kmeny sdílejí. Tím pádem ovšem absolutně nemá smysl něco fyzicky barvit, stačí fylogenetické zařazení. Víme, že ten, kdo je zástupcem firmicutes, aktinobakterií či deinococcus-thermus, bude mít tlustou stěnu, i když někteří se barví atypicky. Pojmy typu „grampozitivní ribosomy“ jsou ovšem absolutní nesmysl a doporučuju je nebrat vážně. Taky je dobré vědět, že podobně závažné apomorfie mají i další skupiny, jenom se o nich tolik nemluví, protože je neznáme tak dlouho.

              To je vše, díky. Počkejte si na hodnocení.
              L.F.

            • #24698 Odpovědět
              Adam Rákos
              Host

              Děkuji za příjemnou diskuzi.

      • #24696 Odpovědět
        L. Falteisek
        Host

        Svérázná práce, struktura částečně kopíruje schéma DP. Literární přehled je z velké části sestaven z doslovných citací, přičemž práce Bubáková 2016 je citována příliš často, místy cituje Bubákovou a přidává k literatuře i její zdroje (které asi nečetl), doslovné citace anglických textů neobratně přeložené. Doslovné citování patrně nepovažuje za nic neobvyklého, obsahu rozumí. Kap. metody vágní a stručná, ale přesný popis metod na začátku výsledků. Diskuse prakticky chybí, nad výsledky uvažuje, ale prakticky jen v kontextu vlastních pokusů. Použito 9 ks literárních zdrojů, což nemůže stačit k vytvoření úplného přehledu o problematice.

        Autor je nadšenec, má o téma soustavný zájem, myslí a pracuje samostatně, což je patrné i z odpovědí na doplňující otázky.

        Výsledky ukazují výrazně větší antibakteriální působení nanočástic vyrobených autorem a green syntézou oproti jiným NČ, chybí však základní kontroly: antibakteriální působení rostlinných výtažků bez NČ, zbytkového AgNO3, popř. jiných sloučenin Ag v komplexní směsi, vliv stáří suspenze NČ

        Silná motivace i samostatnost autora je hlavním kladem, ale i příčinou většiny záporů práce, zvláště neškoleného zacházení s literaturou a celkově malé reflexe stavu poznání, neumělého designu pokusů bez důležitých kontrol. Proto bohužel spíše průměrná práce.

    • #23849 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Dominika Soukupová
      Škola: Gymnázium Luďka Pika
      Název práce: Mikrobiom ptačího vejce u sýkory koňadry (Parus major)
      Prezentace: YouTube

      • #24173 Odpovědět
        L. Falteisek
        Host

        1. Uvádíte, že mikrobiom ptáků i savců dominují kmeny Firmicutes a Proteobacteria, což je důsledkem jejich společného evolučního původu. Z jakého dalšího a velice jednoduchého důvodu by mohli zástupci zmíněných kmenů dominovat v různých mikrobiomech bez ohledu na příbuznost hostitelů?

        2. Je sekvenování nové generace optimální metoda na zjištění přítomnosti či absence bakterií v určitém prostředí? Jak bude nejspíš vypadat výsledek sekvenace přirozeně sterilního vzorku?

        3. Těžko si představuju, že bakterie proniknou skořápkou vejce a pak najdou cestu skrz všechny obaly až do GIT vznikajícího embrya, aniž by se po cestě pomnožily a zavinily, že se to vejce zkazí. Bílek obsahuje různé obranné látky, které mohou množení bakterií zabránit, ale jaktože tedy bakterie cestou k embryu nezahynou? Je na to nějaká teorie?

        • #24446 Odpovědět
          Dominika Soukupová
          Host

          Dobrý den,

          1. Zástupci kmene Protebacteria (např. Salmonella) a Firmicutes (např. Clostridia) jsou často bakterie přizpůsobené pro život ve střevě, proto je pravděpodobné, že se budou vyskytovat u organismů, které mají vyvinutý gastrointestinální trakt, aniž by odkazovali na vývojovou příbuznost.

          2. Metoda sekvenování nové generace je v současné době jednou z nejkvalitnějších metod pro zjištění přítomnosti bakterií i v nízké koncentraci, na druhou stranu i tato koncentrace má svou hranici. Pokud je koncentrace bakterií v prostředí příliš malá, tak nemusí dosáhnout prahu citlivosti této metody, tudíž ačkoliv by se zde nějaké bakterie mohly vyskytovat, tak je metoda nezaznamená. Další nevýhodou je, že pokud se předpokládá nízká koncentrace bakterií, tak se zvýší počet cyklů při amplifikaci a může docházet k chybám, např. dimerizacím primeru. Tedy pokud by bylo prostředí sterilní (jako tomu je v případě negativní kontroly) může se stát, že vzorek bude vykazovat nalezené sekvence.

          3. Toto téma se zkoumá například v oblasti výzkumu antimikrobiálních peptidů v bílku. Jak říkáte, v nějakých případech opravdu dochází k přemnožení, což zapřičiní mortalitu embrya a následně zkažení vajíčka. Já jsem ve své práci měla záměr zkoumat i přítomnost bakterií, které by teoreticky mohly mít příznivý vliv na založení mikrobiomu. Ovšem počet nalezených bakterií byl tak nízký, že by se jen těžko vyvozovaly nějaké závěry, proto jsem se zaměřila spíše na potenciálně patogenní bakterie, o kterých je známá jejich patogenita, a i to je důležité v oblasti zdraví jedince. Na mou část výzkumu navazuje výzkum, kdy se sekvenoval vzorek ze střev embryií. Nalezené bakterie si odpovídali se svými technickými duplikáty, ale, bohužel, si neodpovídají s bakteriemi nalezenými v bílku. Dalším limitujícím faktorem je, že nevíme, zda nalezené bakterie v embryích byly živé, nebo již mrtvé. Obranný mechanismus „jak“ se bakterie dokáže dostat přes všechny bílkové nástrahy, bohužel, neznám, mohlo by se jednat například o speciální odolná pouzdra, enzymy nebo látky blokující aktivitu antimikrobiálních peptidů.

          • #24592 Odpovědět
            L. Falteisek
            Host

            1. Souhlas. Proteobakterie a firmikuti jsou obecně v přírodě dost běžné.
            2. Tady si dovolím nesouhlasit. NSG jen čte DNA, která se tam vloží. O výsledku tedy rozhodují spíš předchozí kroky. Když mám sterilní vzorek a po PCR přesto vidím band, co se asi stalo?
            3. OK. Kdyby vás napadla i nějaká fantazie, jak by to mohlo být, nestyďte se o ní podělit. přiznámvám, že „jedinou správnou“ odpověď v tomto případě nemám.

            Bonus:
            4. Při analýze jste škrtali OTU, které byly přítomné ve i slepých vzorcích (kontrola bez DNA, blank). Jaké je riziko tohoto postupu? (Nápověda: Představte si, že pipetujete blank spolu s ostrými vzorky. Jaká DNA v tu dobu po laboratoři asi tak poletuje?)

            • #24646 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              Je sice po 10. hod, ale pokud u toho stále jste, zkuste odpovědět. Díky.

            • #24668 Odpovědět
              Dominika Soukupová
              Host

              2. Pokud nedošlo k chybě při PCR, tak nalezené sekvence ve sterilním vzorku jsou známkou kontaminace.

              3. Předpokládala bych, že bakterie mohou být vyzbrojené buď tělesně, kdy se bude stávat pro nástrahy vaječného bílku nedobytná, nebo látkově, kdy produkcí látek bude třeba jen po určitou dobu inhibovat činnost bílkovin. Bakterie, které by se přenášely za účelem kolonizování embrya, a tak vytvoření určitě symbiózy, by neměly používat látky, které by nějak degradovaly bílkoviny, protože by tak současně oslabovali i jedince, což není v jejich zájmu. Ovšem patogenní bakterie by v rámci své činnosti mohly použít i silnější zbraně, jako toxiny, které denaturují bílkoviny a ze kterých by se pak určitou dobu mohl parazit živit. Mezi další výbavu patogenních bakterií by mohla patřit výbava ať už buněčné stěny nebo pouzdra, která by mechanicky rozrušovala vrstvy obalů. Když bych se vrátila ještě k prospěšným bakteriím, tak další možnou metodou by byly specifické receptory, které by rozpoznali, že se nejedná o patogena a bakterie by mohla proniknout do embrya.

              4. Ve vzduchu jsou všudypřítomné bakterie a s mou přítomností jako tvora obsypaného mikroorganismy se počet bakterií v okolí zvyšuje, proto jsem vzorky připravovala ve flowboxu, kde by ke kontaminaci zvenku nemělo docházet. Ovšem v okolí blanku jsou vzorky, kde se předpokládá přítomnost bakterií, proto je při manipulaci kontaminace možná.

            • #24688 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              2. Ano. Udělat PCR dostatečně citlivě, ale zároveň absolutně bez kontaminace je opravdu těžké. Na detekci malých množství bakterií se tedy používají jiné, někdy docela složité metody (např. koaguace hemolymfy z ostrorepa, která je velmi citlivá).

              3. Díky, je to logické, pouze na receptory bych nesázel.

              4. Přesně tak. Do blanků může napadat DNA hojných bakterií z okolních vzorků, takže mechanickým škrtnutím všech OTU, co v něm byly, si snadno můžu odpravit nejhojnější organismy, co tam fakt byly. Pro uklidnění: vaše vyšktnuté OTU jsou vesměs ikonické kontaminanty, bohužel řada nevyškrtnutých taky (což ale není důkaz, že tam nebyly).

              To je vše, děkuju za spolupráci. Můžete si počkat na hodnocení.
              L.F.

      • #24712 Odpovědět
        L. Falteisek
        Host

        Práce má klasickou formu “diplomky”, úvod je poměrně pečlivý, až moc odbíhá od tématu mikrobiomu ptačího embrya k lidským chorobám. Text je psaný poněkud horkou jehlou s nešikovnými formulacemi, kontaminací anglickými slovy (např. Germany místo Německo), někdy s nevhodným laboratorním žargonem (“odebráno do RNA lateru”; “výzkum biologie sýkory” – sýkory samozřejmě nemají biologii, ale chovají se, rozmnožují, interagují apod.; totéž: “má vliv na fyziologii” – lépe na funkci, …).

        Zdá se, že autorka zcela neporozumněla všem metodám. Např. opakovaně hovoří o tom, že výsledek PCR byl ovlivněn specifitou polymerázy místo primerů. Zřejmě zapříčiněno tím, že různě specifické sady primeů byly používány se 2 polymerázami s různou schopností proofreadingu.

        Výsledky jsou příliš stručné, chybí i základní popisné údaje (např. počet sekvencí), též tabulka OTU by byla užitečná alespoň v příloze, i když byly vzorky kontaminované. Není úplně jasné, které kroky dělala autorka a které školitel (např. determinace OTU v programu DADA2). Charakterizace nalezených OTU je pečlivá, sice obsahuje i obsoletní dělení bakterií podle Gramova barvení, ale to je bohužel stále ještě běžná praxe. Diskuse odpovídá tomu, že bohužel skoro nebylo co diskutovat, což není vina autorky. Naopak vyzdvihuji snahu nepřeinterpretovávat výsledky.

        Některé nedostatky je nutné vytknout školiteli. Především jde o dost nevhodnou volbu NGS na řešení problému, zda je vejce sterilní nebo ne. Podobně design zaměřený na velký počet čerstvě snesených vajec není vhodný pro rozlišení nabízených hypotéz (kolonizace ve vejcovodu vs. skrz skořápku), lepší by bylo např. porovnání vajec různého stáří, popř. bílku a embrya.

        Průměrná až lehce nadprůměrná práce, řešitelka jí jistě věnovala značné úsilí, design studie je dost poznamenán výběrem metody asi ne zcela zkušeným školitelem (přinejmenším v oboru NGS), který práci patrně výrazně vedl.

        • #24725 Odpovědět
          Dominika Soukupová
          Host

          Děkuji moc za přečtení a ohodnocení práce.

    • #23850 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Ema Tomanová
      Škola: Gymnázium F. X. Šaldy, Liberec 11, Partyzánská 530, příspěvková organizace
      Název práce: Mapování střevního mikrobiomu pacienta s Parkinsonovou chorobou
      Prezentace: YouTube

      • #24180 Odpovědět
        L. Falteisek
        Host

        1. K určování bakterií a archeí se používá gen pro 16S rRNA. Máme my tento gen také? Pokud ne, máme místo něj nějaký jiný?

        2. Pokud se u osoby s určitou chorobou podaří najít nějakou zvláštnost ve složení mikrobiomu (např. střevního), znamená to, že je ta choroba způsobená poruchou mikrobiomu? Co bychom museli udělat, abychom si to mohli dovolit tuto příčinnou souvislost potvrdit? Může být choroba naopak příčinou změny mikrobiomu?

        3. Sekvenace bandů z DGGE ukázala nízkou homologii se známými mikroorganismy. Lidský mikrobiom je už hodně probádaný, takže objev nových druhů (spíš rodů) bakterií příčinou nejspíš nebude. Jak si to vysvětlujete? Nápověda: jak vypadají sekvenační chromatogramy?

        • #24243 Odpovědět
          Ema Tomanová
          Host

          Dobrý den, postupně se pokusím zodpovědět Vaše dotazy.

          1. Mitochondriální gen MT-RNR2 neboli mitochondrially encoded 16S RNA je homologický s bakteriální 16S rRNA, takže se dá říci, že abrevovaná verze tohoto bakteriálního a archeálního genu je přítomna i v eukaryotech. Kvůli odlišné stavbě ribozomů u eukaryotické buňky kóduje malou podjednotku gen 18S rRNA. Tento gen se tedy používá pro fylogenetické studie u eukaryot.

          • #24275 Odpovědět
            L. Falteisek
            Host

            Kterému z našich genů pro malou ribosomální RNA se bude víc podobat archeální 16S rRNA? Jadernému nebo mitochondriálnímu?

            • #24315 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Mitochondriálnímu, vycházela bych již z endosymbiotické teorie.

            • #24405 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              Při endosymbióze se dala dohromady bakterie a kdo byl ten druhý? Díky endosymbióze máme v buňce 2 genomy. Který je z koho?

            • #24513 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Máme genom jaderný a poté gen. inf. z mitochondrií – u nich se předpokládá vznik z jiné bakterie. Např. u semiautonomní organely u rostlin – chloroplastů – se předpokládá vznik ze cyanobakterií neboli sinic.

            • #24557 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              A z koho je tedy jaderný genom?

            • #24589 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Jaderný genom je z původní buňky, která endosymbionta pohltila. (také prokaryot)

            • #24594 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              A, nebudu dál napínat, bylo to archeum z příbuzenstva současné skupiny ASGARD. Archeální rRNA má tedy blíž k jaderné.

            • #24612 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              Doplňující dotaz:
              4. Máme v těle kromě bakterií i achea (teď nemyslím ta, co tvořila základ našich buněk, ale archea sensu stricto)? Kde? Jakým nezaměnitelným způsobem se jejich přítomnost projevuje?

            • #24721 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Dobrý den, omlouvám se, až teď jsem si všimla, že se mi odpověď neodeslala. Zkusím to tedy znovu.

            • #24724 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Vyskytují se především v mikrobiomu kůže a mají nezastupitelnou roli ve snižování jejího celkového pH; tím podporují supresi patogenů. Nachází se také v menším množství v dentálním plaku. Ve vyšším věku se archey objevují i ve střevním mikrobiomu, jedná se téměř výhradně o metanogeny. To má pravděpodobně souvislost s větší abundancí chronické obstipace u starších osob.

            • #24731 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              Už je to mimo hru, ale nemusíte litovat, moc s tou odpovědí nesouhlasím. Archea jsou hlavně ve střevech. Ten nápadný projev je produkce metanu a nadýmání, které kvete v každém věku. Chronická zácpa má jiné důvody.
              Díky za spolupráci.
              L.F.

        • #24303 Odpovědět
          Ema Tomanová
          Host

          2. Vzhledem k úzkému symbiotickému stavu mikrobiot a hostitelského organismu nelze stoprocentně určit jedinou příčinu. Dysbióza je indukována vnějšími faktory, jako je např. antibiotická léčba, strava, stres či toxin z prostředí; změna tedy nenastává sama o sobě a dle mého názoru v tomto případě nemůžeme považovat mikrobiom za primárního „viníka“. Spouštěče si totiž vpravujeme či vytváříme v těle mnohdy sami. Mikrobiom ale může velkou měrou přispívat k rozvinutí patogeneze nemoci. Pro Parkinsonovu nemoc a potvrzení jistého vlivu mikrobiomu při progresi uvažujeme jako důkaz postupnou akumulaci agregátů a metabolitů ve směru od n. vagus přes ENS až do CNS.
          Choroba sama příčinou změny mikrobiomu jistě být může, ale spíše nepřímo – minimálně je-li léčena farmaky, která mají nepopiratelný dopad na jeho (dočasnou) změnu. Jako další faktor může být i změna stravovacích návyků během nemoci.

          • #24540 Odpovědět
            L. Falteisek
            Host

            Plně souhlasím, jen doplňující dotaz: představte si, že mám pacienta s určitou chorobou a několik lidí bez choroby. Osekvenuji jejich mikrobiomy a zjistím, že ten nemocný se od zdravých lišil. Můžu rovnou říct, že mezi tou chorobou a změnou mikrobiomu je příčinná souvislot (ať už dysbióza hraje roli v patogenezi nebo léky ovlivnily mikrobiom, teď mi to je jedno)? Co náhodná proměnlivost mikrobiomů?

            • #24568 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Přesně říci to nelze, abychom toto potvrdili, museli bychom vyloučit všechny ostatní potenciální příčiny – a v biologii je stále mnoho neprobádaného (snad nám s tímto pomůže v budoucnu systémová biologie).
              Náhodná proměnlivost je poměrně vysoká – proto také nelze označit jeden typ mikrobiomu za „zdravý“ a „správný“. Jak jste si mohl všimnout v mé práci, vzorky pacienta a kontrolních osob se liší o to více, čím vzdálenější mají příbuzenský vztah a čím rozdílnější mají způsob života. Toto je také klíč, jak do jisté míry neznámou ve formě „náhodné variability“ eliminovat.

            • #24621 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              Především bych musel tu odchylku najít u statisticky významného počtu pacientů. Ze studie, kde se N = 1 nelze zpravidla usuzovat na nic (proto je tolik pověr, dle toho, co komu náhodou zdánlivě pomohlo na nějakou nemoc). Teprve pak můžu mluvit o korelaci a začíná úkol zjistit, zdali je vztah vztah mezi mikrobiomem a chorobou příčinný a kterým směrem kauzalita míří.

        • #24344 Odpovědět
          Ema Tomanová
          Host

          3. Nízkou homologii si asociujete s neúplnou shodou v genetické databázi? Nebo s něčím jiným?

          • #24435 Odpovědět
            Ema Tomanová
            Host

            Vysvětlením by mohla v tomto případě být buď vysoká schopnost rychlé mutace u prokaryot, či samotné databáze, která generuje shody (každá pracuje na trochu jiném algoritmu). Další by mohlo být také použití primerů, některé jsou pro určitý vzorek vhodnější než jiné.

          • #24458 Odpovědět
            L. Falteisek
            Host

            Pojem nízká homologie znamená, že se vaše sekvence málo shodovala se sekvencemi v databázi. Proč se ale málo shodovala, když vysokou pravděpodobností pocházela z již známé a osekvenované bakterie?

            • #24536 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Poslední možností je ještě to, že byl genom vzorku poškozen třeba při procesu izolace nebo manipulaci s ním.

            • #24554 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              Pravděpodobně je to tím, že při DGGE neodpovídá jeden band jen jediné bakterii. Vzorek je tedy poněkud směsný a není proto úplně dobře osekvenován. Odpovídají tomu chromatogramy (je víc různých píků na jedné pozici)?

            • #24572 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Máte pravdu, při DGGE se jsou jednotlivé bandy rozlišeny podle délky sekvence, proto tedy dochází ke směsným vzorkům.

            • #24584 Odpovědět
              Ema Tomanová
              Host

              Chromatografie je akurátnější metoda, umožňuje přesněji rozlišit i změny v rozsahu pouhého jediného páru bazí. Tedy díky ní lze nepřesnosti z DDGE rozluštit.

            • #24628 Odpovědět
              L. Falteisek
              Host

              DGGE nedělí jen podle délky, ale podle kombinace délky a stability DNA. Ani chroimatografie by to nezorlišila, protože se délka 16S genu různých bakterií nemusí lišit. Řešení (toto je připomínka spíš na školitele) je nepoužívat DGGE, ale NGS. Dnes už je levnější, jednodušší a dává lepší informaci. Díky, už očekávám jen odpověď na ot. č. 4.

      • #24722 Odpovědět
        L. Falteisek
        Host

        Práce není jasně strukturovaná, obsahuje 2x úvod (k práci, k literárnímu přehledu). Literární přehled mírně nesouvislý, pochopitelný, cíle slibují potvrzení už (přinejmenším částečně) známého a zároveň neodlišují korelaci a kauzalitu, metody jsou obecné a vágní, není popsána žádná analýza dat přestože uvádí NGS, výsledky neuvádějí konkrétní zjištěné hodnoty, jsou spíš pokačováním úvodu, který náhle přechází do podrobného komentáře několika bakteriálních taxonů. Jsou doplněny 2 obrázky a 1 tabulkou s holými daty, závěry neadekvátní (i vzhledem k nízkému N).

        V textu nešikovné formulace i drobné chyby: rody Firmicutes (phylum – “kmen”, ne rod) a Lactobacillum (správně Lactobacillus), “nejnovější práce” jsou staré až 20 let, pesticid = patogen, DNA na ELFO migruje ke katodě (správně k anodě), …

        Založeno na srovnání 1 pacienta a 3 jeho příbuzných jako kontrol. Metodika je DGGE + sekvenace vyříznutých bandů a pravděpodobně i NGS. Lze spekulovat, že první metodu dělala autorka a druhou školitel (především analytickou část), který pouze “uronil” část výsledků. Limity designu a metodik nejsou ani v nejmenším podrobeny diskusi, přestože nízký počet vyšetřených probandů by to vyžadoval.

        Spíš podprůměrná práce, vypadá jako výsledek poměrně nárazové aktivity autorky. Zdá se, že školitel řešitelce ukázal metody a dovolil zpracovat kousek dat (který jí možná dal jen jako obrázek).

    • #23852 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Lea Abrtová
      Škola: Gymnázium dr. Josefa Pekaře, Mladá Boleslav
      Název práce: Mezipohlavní rozdíly v obličeji u současné české populace ve věku 61–94 let
      Prezentace: YouTube

      • #24078 Odpovědět
        Roman Fuchs
        Host

        Co je největším problémem geometrické morfometrie? Ono je to zřejmé z kapitoly 5.3.1., ale chtěl bych to slyšet explicitně. Také by mě zajímalo, zde je tento problém u různých objektů (např. „celá zvířata“ vs. kostry) stejně velký?

        V kapitole 6.1. jsou hodnoceny jednoduché rozměry. Jak bylo ošetřeno to, že jsou mužské obličeje pravděpodobně celkově větší než ženské?

        Mohla by autorka vysvětlit, čím se liší forma a tvar? Také mě mate, že nejvýznamnější rozdíly ve formě ve prospěch žen jsou neprůkazné, zatímco u tvaru totéž postihuje muže. Opět bych prosil o vysvětlení.

        • #24313 Odpovědět
          Lea Abrtová
          Host

          Dobrý den,
          Největším problémem geometrické morfometrie může být chybné vyhodnocení dat a jejich následná deformace. Dalším problémem však můžou být i tzv. chybějící data, nejsou landmarky správně naneseny na anatomické struktury.Na druhou stranu jednotlivé programy na zhodnocování výsledků nejsou schopny data zpracovat a nelze tak pokračovat dál s chybnými výsledky.
          V ohledu například mezi lebkou a celou kostrou se jistě tyto problémy liší, jelikož čím větší objekt, tím je větší pravděpodobnost na chybné zhodnocení či nalandmarkování.

          • #24631 Odpovědět
            Roman Fuchs
            Host

            Zase s vámi úplně nesouhlasím. Největším problémem GM je jednoznačnost určení landmarků. Proto taky děláte to ověřování po dni a ještě lépe po týdnu. Testujete, zda „trefíte“ stejné místo. A tenhle problém je samozřejmě větší u živých objektů než u koster, kde například na lebce existují švy mezi kostmi.

            • #24666 Odpovědět
              Lea Abrtová
              Host

              Ano, u živých objektů je dozajista větší problém s určením landmarků, jelikož velkou roli v určování hrají například měkké tkáně, či v případě u zvířat srst.

        • #24338 Odpovědět
          Lea Abrtová
          Host

          Ošetřeno bylo vše pomocí klasické morfometrie nepárovým dvouvýběrovým t testem.

          • #24571 Odpovědět
            Lea Abrtová
            Host

            Data musely být rozděleny na muže a ženy, jednotlivě se musely zhodnotit a jednotlivé výsledky obou skupin se nadále mezi sebou porovnaly

            • #24616 Odpovědět
              Roman Fuchs
              Host

              Odpověď mne moc neuspokojuje. Nejsem odborník na statistiku v antropologii, nicméně podle mě musí být nějaký celkový rozměr obličeje použit jako kovariáta.

            • #24670 Odpovědět
              Lea Abrtová
              Host

              Jednotlivé rozměry jsme vypočítali pomocí nanesení landmarků v programu morphome3cs. Nadále jsme si rozdělili skupiny na muže a ženy a zhodnotili jednotlivá získaná data. t testem

        • #24363 Odpovědět
          Lea Abrtová
          Host

          Z hlediska formy se jedná o prostorové vlastnosti daného objektu, zatímco tvar zaznamenává vnější podobu objektu.

        • #24506 Odpovědět
          Lea Abrtová
          Host

          V práci bylo prokázáno, že u žen celkově nedochází k tak výrazným změnám jako u mužů jak ve formě, tak ve tvaru. Nejvýraznější změny proběhly právě u mužů.

          • #24644 Odpovědět
            Roman Fuchs
            Host

            Já pořád úplně nesouhlasím. Pravda, vycházím hlavně z obrázků 12 a 13, kde se mi zdá podíl „modré“ a „bílé“ u žen a mužů obdobný, ale „modrá“ se nachází na různých částech obličeje.

            • #24683 Odpovědět
              Lea Abrtová
              Host

              Ano, jelikož se v prvním případě jedná o nejsignifikantnější rozdíly mezi muži a ženami ve formě, zatímco v druhém případě se jedná o nejsignifikantnější rozdíly mezi muži a ženami ve tvaru. Proto se rozdělení poměru modré a bílé v mapách signifikance liší.

      • #24680 Odpovědět
        Roman Fuchs
        Host

        Zdá se, že jsme položené otázky probrali dostatečně. Na závěr vám ještě pošlu hodnocení práce, které jsem připravil v minulých dnech. Nechtěli jsme ho posílat předem, abychom vás neznervozňovali, nicméně myslím, že s ním můžete být spokojena

        1. Úvod je typicky rešeršní, v obecné rovině popisuje stavbu obličeje a mezipohlavní rozdíly v jeho tvaru. Oceňuji velmi kultivovaný jazyk, celá kapitola je mimořádně čtivá
        2. Cíle práce vyúsťují v testovatelnou hypotézu. Jen mi nějak nevyplývá z úvodu práce.
        3. Kapitola metody je, zaměříme-li se na důkladnost jejich popisu, poněkud nevyrovnaná. Některé jsou popsány podrobně, ba až velepodrobně (zvláště klasická jednorozměrná statistiku, kdy já naposled viděl vzorec pro t-test), jiné jen dosti povšechně (geometrická morfometrie). Docela ovšem autorku chápu, je to trochu jiná matematika . Sepsána je kapitola opět velmi kultivovaně a dobře se čte.
        4. Totéž platí pro výsledky, skoro bych usuzoval na vliv konzultanta, z tohoto podezření mě ovšem vyléčil popis obrázků a tabulek. Ten je dost hrozný a v žádném případě nesplňuje posvátný požadavek na samovysvětlitelnost. Zvláště mě nadzvedl popis prvního sloupce v tabulce 4. Nechť se nad ním autorka zkusí zamyslet. Také mě překvapuje, že nebyly použity žádné mnohorozměrné metody pro hodnocení měřených rozměrů, přestože se o nich autorka v metodice zmiňuje.
        5. Diskuse je založena na převyprávění výsledků, což by ovšem měl být jen úvod k jejich konfrontaci se stávajícími poznatky. Ta chybí. Zajímavé by přitom mohlo být srovnání s mladšími věkovými kategoriemi, pro něž zřejmě data existují. V diskusi chybí také vyjádření k hypotéze formulované v úvodu. To autorka napravuje v závěru. S jejím hodnocením, že byla potvrzena, nemůžu ovšem po letmém pohledu na obrázky 13 a 14 souhlasit.
        6. Celkově na práci hodnotím kladně především formální a částečně i obsahové zpracování většiny kapitol, které je zjevně nadprůměrné.

        S přáním lepších dnů
        Roman Fuchs

        • #24699 Odpovědět
          Lea Abrtová
          Host

          Děkuji moc za názor a zhodnocení celé práce.

    • #23853 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Marie Durdilová
      Škola: Gymnázium Postupická
      Název práce: Zavedení nového cytogenetického markeru pro možnou detekci pohlavních chromozomů u sekáčů
      Prezentace: YouTube

      • #24188 Odpovědět
        Roman Fuchs
        Host

        Proč nebyly zpracovány buňky samic? Co kdyby měli sekáči pohlavní chromozomy typu ZW?

        Proč k diferenciaci pohlavních chromosomů dochází?

        Proč v evoluci dochází k zmnožení či redukci počtu chromozomů? Co je častější?

        Proč lze čekat absenci diferencovaných pohl. chromosomů u plesiomorfních linií? Vyvinulo se určení pohlaví ve všech skupinách nezávisle a přitom tak podobně? Jak by se potom univerzálně rozšířila přítomnost repetice GATAn v PCH, kdyby je společný předek neměl?

        • #24505 Odpovědět
          Marie Durdilová
          Host

          1. U samice jsem udělala pouze jednu analýzu, a to z toho důvodu, že materiál ke zkoumání, který samice poskytují, není tak dobře analyzovatelný jako u samců (je to kvůli jejich nižší aktivitě dělení buněk). Z toho důvodu se v mé práci vyskytují převážně samci (mají aktivitu dělení buněk vyšší), jelikož je u nich více jader ve fázích dělení vhodných pro pozorování. Samici byla zpracována tedy pouze jedna a neprokázala se u ní přítomnost systému ZW. Jinak pohlavní systém ZW není u sekáčů pravděpodobný, spekuluje se o tom, že ho má druh Mitopus moiro, ale analýza tohoto druhu byla provedena pouze na základě morfologické analýzy jedné figury a dnes se ukazuje, že tento výsledek je zjevně chybný.

          2.Dochází k ní průběhu evoluce selekcí genů, které podporují diferenciaci pohlavních chromozomů. Tyto geny se koncentrují na jedno místo a postupně díky nim dochází k jejich diferenciaci.

          3.Na zmnožení či redukci chromozomů mají častý vliv nejrůznější mutace, které mohou být dány geneticky nebo vlivem extrémních podmínek. Častěji se vyskytuje redukce, jelikož v průběhu evoluce dochází k postupné selekci a snižování genetické informace a k reakcím na vnější podmínky.

          4. Pokud by sekáči měli diferenciované PCH (a sekvence GATA(n) takový systém naznačuje), tak lze předpokládat, že došlo ke společnému vývoji u třech dalších linií s vyjímkou plesiomorfní linie Cyphopthalmi, u které zůstaly i výrazně plesiomorfní znaky, a to napovídá o jejich brzkém oddělení. Sekáči jsou starodávnou skupinou pavoukovců, a tudíž během takto dlouhého vývoje mohlo postupně při diferenciaci pohlavních chromozomů na nich dojít k akumulaci GATA.

          • #24606 Odpovědět
            Roman Fuchs
            Host

            1. Rozumím a souhlasím, nicméně stejně, kdyby měli sekáči ZW, jistý problém by to byl.
            2. Vaše odpověd zavání tautologií. Jasně, že je to výsledek selekce genů, ale proč jsou selektovány? Je zřejmé, že odvozené linie živočichů směřují obecně diferenciaci pohlavních chromozomů. Musí to tedy přinášet jakousi výhodu, ale jakou. Chápu, že odpověď nikdy nebude definitivní, nějaké hypotézy ale existují.
            3. Úplně nesouhlasím, nejsem cytogenetik, ale u zvířat, která trochu znám (ptáci, savci je častější zmnožování, skrze rozpad chromozómů
            4. U sekáčů máte pravdu, že PCH vznikly jednou (chtělo by to ale víc druhů), nicméně u zvířat jako celku vznikly evidentně mnohokrát. A je fakt divný proč by se u nich měl vždy objevit i mikrosatelit GATA – alespoň pro mě 🙂

      • #24685 Odpovědět
        Roman Fuchs
        Host

        Zdá se, že jsme položené otázky probrali dostatečně. Na závěr vám ještě pošlu hodnocení práce, které jsem připravil v minulých dnech. Nechtěli jsme ho posílat předem, abychom vás neznervozňovali, nicméně myslím, že můžete být spokojena

        1. Úvod kombinuje obecné základy cytogenetiky s podrobnějším rozborem situace u sekáčů. Vcelku jednoznačně dokládá autorčinu orientaci v studované problematice.
        2. Cíle popisují, co hodlá autorka vykonat a nejsou v nich formulovány hypotézy ani otázky. Vzhledem k deskriptivní povaze práce to ale příliš nevadí.
        3. Metody jsou popsány dostatečně podrobně, totéž platí o výsledcích. Určité výhrady bych měl k zásadnímu obrázku č. 7, možná je ale na vině má nezběhlost v cytogenetice. Chvíli mi trvalo, než mi došlo, že diagramy zobrazují haploidní sadu avšak oba podezřelé chromosomy s GATA mikrosatelity. Také si myslím, že je škoda, že autorka nedoplnila diagramy „setříhanými“ sadami fotografií.
        4. Diskuse je poměrně zvláštní. Opakují se v ní dlouhé pasáže z úvodu, s nimiž vlastní výsledky souvisejí často jen volně. Šlo by to řešit elegantněji, na druhou stranu to svědčí o tom, že se s diskusí autorka prala sama. Navíc jí její úkol znesnadňovala skutečnost, že se jedná o práci do značné míry pionýrskou.
        5. Poněkud mi čtení komplikoval jazyk, kterým je práce sepsána, konkrétně volba slov a slovosled. Občas mi na mysli vytanul překladač, ale asi je to nespravedlivé podezření, neb rešeršní a autorské kapitoly se zřetelně neliší.
        6. Celkově na práci hodnotím kladně především neokoukané téma a samostatnost autorky.

        S přáním lepších dnů
        Roman Fuchs

    • #23854 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Magdaléna Koloušková
      Škola: Gymnázium Brno-Řečkovice, příspěvková organizace
      Název práce: Vznik a ultrastruktura dentinových tubulů
      Prezentace: YouTube

      • #24176 Odpovědět
        Roman Fuchs
        Host

        Přestože se převážně věnuji ptákům, kteří zuby nemají, rozdíly ve stavbě dentinu v různých částech zubu mě nepřekvapují. Mohla by autorka říci, co je jejich příčinou?

        Stavba dentinu zajímá zoology srovnávající různé druhy živočichů, zvláště pak vyhynulé. O čem by mohla vypovídat?

        Na obrázcích jsou některé tubuly zřetelně modré (převaha signálu DSPP) a jiné červené (převaha DMP1). Opravdu se ty tubuly liší expresí těch proteinů? Nebo existuje jiné vysvětlení?

        • #24379 Odpovědět
          Magdaléna Koloušková
          Host

          Dobrý den,

          Děkuji za dotaz. Struktura dentinu a dentinových tubulů reflektuje namáhání zubu v dané lokaci. To je dáno životním stylem a způsobem zpracování potravy. Z fosílií zubů lze právě vyčíst způsob života daného jedince, například pravěcí předchůdci ptáků měli zuby, které však časem vymizely. To může signalizovat změnu stravy.

          Studii na expresi proteinů jsem nedělala, ale rozdílné exprese jsem si vědoma. Všechny fotografie byly foceny na stejné nastavení, tudíž exprese bude rozdílná a ne způsobena při focení na konfokálním mikroskopu. Tato rozdílnost je nejspíše způsobena rozdílnou expresí proteinu DSPP a DMP1, která může také souviset s lokací dentinu.

          Magdaléna Koloušková

          • #24570 Odpovědět
            Roman Fuchs
            Host

            První odpověď se mi moc líbí. Je to tak, paleontologové brousí zuby o sto šest

            U druhé víc asi nelze říct. Nicméně je to divný. Chtělo by to vědět, co ty proteiny v zuvbu dělají.

            • #24663 Odpovědět
              Roman Fuchs
              Host

              Ještě mě kolega navedl, abych se vás zeptal, jak je to u genů pro ony proteiny s hetero/homozygotností.

      • #24690 Odpovědět
        Roman Fuchs
        Host

        Zdá se, že jsme položené otázky probrali dostatečně. Na závěr vám ještě pošlu hodnocení práce, které jsem připravil v minulých dnech. Nechtěli jsme ho posílat předem, abychom vás neznervozňovali, nicméně myslím, že můžete být spokojena

        1. Úvod je pěkně napsaný, do značné míry se blíží úvodu standardní vědecké práce
        2. Cíle popisují, co bude autorka dělat. Není z nich ale zřejmé, proč práce vznikla. Bývá zvykem formulovat je jako hypotézy nebo alespoň otázky.
        3. Teoretický úvod není obvyklou součástí standardních vědeckých prací. Měl by doložit, že autorka pronikla hlouběji respektive šířeji do řešené problematiky, což se v tomto případě vcelku podařilo.
        4. Metody jsou popsány podrobně a oceňuji, že se z nich dá do značné míry zjistit, co autorka sama vykonala a co dostala již hotové.
        5. Výsledky částečně tvoří prostý popis pozorovaných jevů, což je u anatomie a histologie vcelku běžné, nicméně snímky z konfokálního mikroskopu jsou zpracovány kvantitativně a volají tedy po nějaké statistice, ne asi úplně jednoduché. Jestli jsem to správně pochopil, zvířat bylo 7 a z každého z nich bylo hodnoceno 10 řezů, což představuje jistou komplikaci.
        6. Diskuse spočívá v převyprávění výsledků, chybí jakékoliv srovnání se stávajícími poznatky. Chápu, že je to těžké a rezignuje proto na ně řada sočkařů, nicméně je nutné konstatovat, že bez takového vyústění je práce spíše polotovarem.
        7. Celkově na práci hodnotím kladně především chuť autorky vyzkoušet si různé atraktivní metody.

        S přáním lepších dnů
        Roman Fuchs

    • #23855 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Jiří Houska
      Škola: Střední škola obchodní, České Budějovice, Husova 9
      Název práce: Hledání nových RNA virů
      Prezentace: YouTube

      • #24136 Odpovědět
        Mihulka
        Host

        Hezký den, zde jsou otázky:

        1. Jsou podle autora dsRNA slibnou skupinou pro objevování nových druhů virů, a proč?

        2. Jaká prostředí by autor vyzkoušel pro hledání chrysovirů, kdyby měl neomezené možnosti a proč?

        3. Jaké části metodiky byly pro autora během výzkumu nejobtížnější? Jak by je bylo možné vylepšit?

      • #24266 Odpovědět
        Jiří Houska
        Host

        1. Podle mě ano, hlavně díky tomu, že dsRNA jde izolovat celkem snadno a selektivně. Protože mají dvojité vlákno, tak se na ně navazují fluorescenční barvy, používané při gelové elektroforéze, třeba při analýze úspěšnosti PCR, takže pokud je ve vzorku dsRNA virus v dostatečném množství, tak jde vidět hned po izolaci na gelu. Navíc v izolátu se nachází méně RNA řetězců, díky selektivní izolaci, takže se nemusí hledat mezi RNA rostliny, s výjimkou ribozomální RNA, která může dělat smyčky a tedy mít ds části, díky čemuž se také může dostat do izolátu.

        2. Vyzkoušel bych určitě různé plísně rostoucí na zdech, na potravinách. Vyzkoušel bych dále vzorky z více akvárií, jezírek, možná doplnil o rybník, či řeku, tyto vzory bych zkoušel jak čerstvé, tak po kultivaci, aby se mohla vyvinout na řase plíseň, která je možným hostitelem. Také bych sbíral vzorky v lese, protože chrysoviry jsou hlavně houbové viry, takže by zde byla vysoká šance nějaký najít.

        3. Nejobtížnější se mi zdálo klonování, protože u spousty vzorků nevycházel žádný produkt a pokud vyšel, tak při sekvenování bylo občas zjištěno, že se jedná o nějakou bakterii, či jiného organismu, který mohl kontaminovat vzorek, nebo se jednalo o sekvenci z hostitele. Vylepšit by toto bylo možné větší sterilitou, třeba dezinfekcí rukavic pomocí 70 % ethanolu a častější dezinfekcí pracovní plochy.

        • #24279 Odpovědět
          Jiří Houska
          Host

          3. Ještě k odpovědi čislo 3, obecně všechny části kolem sterility se mi zdáli těžké, a budu je zlepšovat, právě kvůli zamezení kontaminace.

        • #24333 Odpovědět
          S. Mihulka
          Host

          Fajn, děkuji za pěkné odpovědi.
          Je vidět, že máte představu, o čem je řeč.

          Pokračujeme dál. Co se týče boje s kontaminací: pokud otřete rukavice či nástroje lihem, bakterie to asi zabije. Znamená to ale, že přestanou kontaminovat PCR či klonování? Čeho přesně (jaké části bakterie) se potřebujete zbavit, abyste se zbavil bakteriální kontaminace v molekulární biologii?

          • #24559 Odpovědět
            Jiří Houska
            Host

            V mém případě se potřebuji zbavit jejich DNA, která je u bakterií a obecně u prokaryot volně v jejich cytoplazmě, u klonování nebo u PCR, případně jejich RNA při izolaci. Líh denaturuje organické makromolekuly, jako jsou proteiny, nebo právě nukleové kyseliny. Líh by se dal použít i 100%, ale tam by nedošlo k spolehlivému vyčištění od bakterií. Proto se používá 70 % roztok ethanolu, kde voda zvyšuje lepší možnost difuze přes buněčné membrány a je tudíž spolehlivější. Jejich nukleové kyseliny můžou sice kontaminovat vzorek, ale díky denaturaci je tato šance velmi snížená.

            • #24604 Odpovědět
              S. Mihulka
              Host

              Denaturace bohužel nebrání tomu, aby se DNA dala třeba amplifikovat při PCR. Ba co víc, je v lihu méně rozpustná, takže je riziko, že na tom čištěném povrchu zůstane. V molekulární biologii jsou proto úplně jiné požadavky na sterilitu než třeba v medicíně (neboli nám vadí nejen živé, ale i mrtvé bakterie). Jak se lze zbavit i pouhé DNA z nástrojů (metod je víc, stačí některá)?

            • #24610 Odpovědět
              Jiří Houska
              Host

              Z nástrojů se jí dá zbavit například žíháním nad kahanem či autoklávováním.

            • #24637 Odpovědět
              S. Mihulka
              Host

              Oboje dobře, ještě doplním, že existuje komerční prostředek „DNA eraser“. Funguje i gama ozáření, UV světlo apod. Díky.

              Děkuji za odpovědi a hodnocení práce najdete obratem v tomto vláknu. Na to již není třeba reagovat.

              Užijte pěkný den,
              Stanislav Mihulka

      • #24642 Odpovědět
        S. Mihulka
        Host

        Hodnocení:

        1. Pozoruhodná a sympatická práce zahrnuje celý proces objevení nového druhu viru. Donedávna to bylo záležitostí špičkově vybavených vědeckých pracovišť a dnes je to středoškolská práce, která je jako splněný sen. Koho by nebavilo vytáhnout neznámý virus ze zahradního jezírka nebo třeba z akvária a popsat ho jako nový druh?

        2. Práce není úplně bez chyb. Autor by si měl dát více záležet na formální úpravě, editaci překlepů a nedodělků, a také na obratnosti použitého jazyka. Tyto nedostatky ale kompenzuje zaujatostí pro věc, která u této práce prozařuje mezi řádky. U této práce nejsou na místě pochyby, zda autor měl na výzkumu dostatečný podíl. Podle všeho se naučil a vyzkoušel vše, od odběru viru v prostředí, přes izolaci sekvence, až po zhotovení fylogenetické analýzy.

        3. Autor zvolil kompaktní formu práce, s dost stručným úvodem, který by nejspíše snesl o něco širší záběr, ale celkově je na místě tento přístup pochválit. Některé pasáže metodiky, například odběr vzorků či sekvenování, by si rozhodně zasloužily podrobnější popis, aby čtenář mohl výzkum podle autorova popisu zopakovat. Autor by se také mohl místy vyvarovat příliš odborného laboratorního slangu, který ubírá na srozumitelnosti.

        • #24650 Odpovědět
          Jiří Houska
          Host

          Děkuji

          Přeji vám také pěkný den
          Jiří Houska

    • #23856 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Anna Hýsková
      Škola: Gymnázium J. A. Komenského a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Uherský Brod
      Název práce: Úloha fytochromů v regulaci exprese auxinových transportérů v hypokotylech rajčete Solanum lycopersicum L.
      Prezentace: YouTube

      • #24117 Odpovědět
        Mihulka
        Host

        Hezký den, zde jsou otázky:

        1. Tahle práce je o rajčatech. Proč se ale v tomto výzkumu využívají právě rajčata? Jaký vliv by podle autorky mělo nahrazení rajčat za jiný druh rostliny, pochopitelně se stejnými mutacemi v genomu?

        2. Jaké nejvíce významné obtíže či komplikace musela autorka během práce překonat?

        3. Autorka zmiňuje, že by bylo možné studovat transport auxinů i u dalších druhů rostlin, pomocí radioaktivně značeného auxinu. Jaké rostliny by si k tomu autorka vybrala a proč?

        • #24416 Odpovědět
          Anna Hýsková
          Host

          Dobrý den, moc děkuju za Vaše dotazy, pokusím se odpovědět na ně co nejlépe.

          1. Ve své práci jsem používala rajče jedlé z několika důvodů. Je to nenáročná rostlina, se kterou se v laboratoři dobře pracuje, což bylo zvlášť výhodné na začátku výzkumu, kdy jsem se učila všechny metody práce s rostlinami in vitro. V naší laboratoři se navíc rajčata pro výzkum běžně používají a většina metod je již pro tuto rostlinu optimalizovaná. Další výhodou je to, že rajče je často zkoumaná rostlina, máme dostatek informací o jejím genomu a není problém sehnat semínka pro genotyp s požadovanou mutací.
          Náhrada rajčete za jinou rostlinu by na výsledky výzkumu určitě měla vliv. Všechny rostliny totiž nemají stejnou sadu fotoreceptorů (např. PhyB1, na který jsem se ve výzkumu zaměřila, je pro rajče specifický, třeba Arabidopsis jej nemá) a různé procesy v nich mohou probíhat s různými odlišnostmi. Navíc i různé kultivary rajčete, které jsem používala, vykazovaly mírně odlišné výsledky, je tedy pravděpodobné, že výzkum tohoto mechanismu na jiném druhu by mohl přinést jiné výstupy.

          2. Největší problémy jsem měla s optimalizací přípravy vzorků na RT-PCR, použitých housekeeping genů a primerů.
          Nejprve bylo třeba upravit množství nadrcených hypokotylů, ze kterých byla RNA extrahována. Původní množství 100 mg jsem musela zvýšit až na 250 mg, aby byla koncentrace extrahované celkové RNA dostatečná.
          Dalším problémem byla správná volba housekeeping genů. Původně používaný gen EF-α byl totiž v rostlinách rostoucích v různých světelných podmínkách exprimován rozdílně, z toho důvodu jsem jej vyměnila za gen GAPDH, jehož exprese byla mnohem stabilnější.
          Asi největší komplikací byl primer pro původně zvolený gen SlLAX5, který byl buď špatně navržen nebo špatně vyroben a při RT-PCR téměř nedocházelo k amplifikaci zvoleného genu. To, že byl problém s primerem (a nikoliv se vzorkem) potvrzovala i křivka tání, která neměla žádný specifický produkt a mnoho produktů nespecifických. Proto jsem místo výzkumu genu SlLAX5 nakonec zvolila gen SlLAX4, jehož exprese je v hypokotylech rajčat také velmi vysoká.

          3. Já osobně bych ráda pokračovala ve výzkumu transportu auxinu právě na rostlinách rajčete jedlého. Studiem transportu auxinu pomocí radioaktivního značení bych totiž mohla navázat na svůj dosavadní výzkum a zjistit další podrobnosti, které by mohly vysvětlit nejen výsledky této práce, ale také práce loňské, a zároveň by pomohly objastnit některé odlišnosti ve výstupech obou částí mého výzkumu.

          • #24581 Odpovědět
            S. Mihulka
            Host

            Skvělé, děkuji za pěkné odpovědi.
            Je jasné, že se v tom perfektně orientujete.

            Pokračujeme dále:

            V kap. 5.4.1 přidáváte interní standard a nikde jinde jsem o tom nezaznamenal zmínku, proč? Nebo jsem to jen přehlédl (práce je přeci jen poměrně obsáhlá…)?

            V kap. 5.4.2. používáte kolonu C18: “tedy se sorbentem, který má větší polaritu, než mobilní fáze”. Mobilní fází je 5% MeOH, není tam nějaké nedorozumnění?

            • #24658 Odpovědět
              Anna Hýsková
              Host

              Omlouvám se, že odpovídám pozdě, všimla jsem si Vašich dotazů až teď.

              Interní standard jsem přidávala do vzorků pouze pro účely hmotnostní spektrometrie, kde slouží ke korekci ztrát při přečišťování vzorku a pro výpočet výsledné koncentrace hormonů ve vzorku. Pro samotnou RT-PCR není interní standart potřeba, u ní se totiž provádí pouze relativní kvantifikace pomocí housekeeping genů.

              Ano, máte pravdu, v tomto odstavci mám opravdu chybu, místo „menší“ jsem napsala „větší“. C18 je pevná fáze, která je nepolární, a dochází k jejímu promývání polárním roztokem methanolu. Pokud by to bylo tak, jak jsem to v chybně práci napsala, nejednalo by se o chromatografii na reverzní fázi.

            • #24681 Odpovědět
              S. Mihulka
              Host

              Díky za odpověď, nic se neděje.

              Mimochodem, tušíte, jak takový C18 nosič vzpadá?

            • #24694 Odpovědět
              Anna Hýsková
              Host

              Uvnitř chromatografu se nachází kovová trubička, uvnitř které je pevná fáze. V případě C18 je na nosič (většinou silikagel) navázaný otadecylový uhlovodíkový řetězec, tedy uhlovodíkový zbytek s 18 uhlíky.

            • #24703 Odpovědět
              S. Mihulka
              Host

              Perfektní. Děkuji za odpovědi.

              Hodnocení práce najdete za chvilku v tomto vláknu.
              Na to již není třeba reagovat.

              Srdečně zdravím,
              Stanislav Mihulka

      • #24705 Odpovědět
        S. Mihulka
        Host

        Hodnocení:

        1. Autorka ve své obsáhlé a kvalitní práci navazuje na předchozí práci SOČ a detailně se věnuje pozoruhodnému vztahu mezi světlem červené a modré oblasti spektra, fotochromy a fytohormony. Na práci i prezentaci je znát, že autorka má slušnou zkušenost jak s odbornou prací, tak s prezentováním výsledků. V případě dobré obhajoby by tato práce bezpochyby uspěla jako diplomka.

        2. Rozsáhlý úvod detailně a erudovaně popisuje danou problematiku a jeho sestavení jistě nebylo snadné. Metodika vyčerpávajícím způsobem popisuje použité metody a postupy. Výsledky jsou srozumitelné, neuškodilo by je ještě více zestručnit a zpřehlednit. Diskuze je sepsaná velmi odborně a zasvěceně a neohroženě se vypořádává s hypotézami i s relevantní literaturou. Závěr práce vhodným způsobem odpovídá na stanovené cíle, jejichž vytyčení by mohlo být poněkud přehlednější. Práce také zahrnuje rozsáhlý přehled literatury, odpovídající obstojné diplomové práci. Pokud ji autorka byť jen zčásti prostudovala, tak to muselo být náročné.

        3. Práci by prospělo zestručnění a zjednodušení odborného jazyka, s nímž se potýkají i profesionálové. Sympatické je nastínění dalších možností výzkumu.

        • #24707 Odpovědět
          Anna Hýsková
          Host

          Moc děkuji za Vaše dotazy a za zpětnou vazbu, přeji krásný zbytek víkendu.
          Anna Hýsková

    • #23857 Odpovědět
      Daniel Kavan
      Host

      Autor: Michaela Jirků
      Škola: Střední průmyslová škola chemická Brno
      Název práce: Příprava a optimalizace nástrojů pro studium nemembránových organel in vitro
      Prezentace: YouTube

      • #24167 Odpovědět
        Mihulka
        Host

        Hezký den, zde jsou otázky:

        1. Proč autorka použila dva fluorescenční proteiny? A proč to byly právě tyto dva, tedy GFP a mCherry?

        2. Existují ještě nějaké další „nemembránové“ organely? A případně jaké?

        3. Proč v autorčině laboratoři studují transkripční továrny? Rýsují se nějaké s nimi spojené aplikace? Věděla by autorka, co jsou virové továrny (viral/virus factories) a kde se vyskytují? V čem jsou podobné transkripčním továrnám?

        4. Který problém/my bylo pro autorku v této práci klíčové překonat?

        • #24393 Odpovědět
          Michaela Jirků
          Host

          Hezký den, děkuji za Vaše otázky. Mé odpovědi:
          1. Dva fluorescenční proteiny jsem použila pro případnou kontrolu, kdyby jeden ze dvou nefungoval tak, jak má. Tyto dva fluorescenční proteiny byly zvoleny, protože byly zmíněné v literatuře (v odborném vědeckém článku). Bylo proto jasné, že se hodí jako reportérové systémy pro vizualizaci dropletů.

          2. Ano, existují i další nemembránové organely, např. Cajalovo tělísko, což je útvar uvnitř buněčného jádra. V jeho blízkosti se obvykle koncentrují zejména různé bílkoviny, jadérka nebo transkripční faktory RNA polymerázy II.

          3. Transkripční továrny studujeme proto, protože je to aktuální téma ve vědě a chceme přispět k jejich výzkumu. Na mou práci navazují už nyní další vědecké práce v naší laboratoři.
          Bohužel nevím, co jsou virové továrny a podrobnosti kolem nich neznám. V naší laboratoři jsme se totiž nezabývali problematikou virů.

          4. Jeden z problémů byl ten, že sekvence CYCT1 byla pravděpodobně toxická pro buňky E. coli. To jsme usoudili z toho, že nám opakovaně nešel připravit plazmid 2 GFP-T – CYCT1 a plazmid s druhým zkoumaným proteinem DYRK1A se nám bez problému povedl připravit. Museli jsme proto sekvenci CYCT1 optimalizovat pro buňky E. coli. Tyto plazmidy jsme ale nepoužili pro purifikaci, protože nebylo možné odštěpit histidinový štítek z proteinu.
          Dále jsme museli navrhnout jiné způsoby pro dosažení tvorby dropletů. Vybrali jsme plazmidy, které obsahovali daný fluorescenční protein na C-konci. U těchto konstruktů však docházelo k tvorbě agregátů namísto dropletů. Zvolili jsme proto jiné plazmidy a to plazmidy GFP bez histidinového štítku, který využívá pro afinitní purifikaci domény bohaté na histidin.

          • #24560 Odpovědět
            S. Mihulka
            Host

            Perfektní, děkuji za pěkné odpovědi.

            ad 3 – Virové továrny jsou útvary, které si viry dočasně vytvářejí v hostitelské buňce, a svými vlatnostmi připomínají právě Vaše transkripční továrny. Mrkněte například https://viralzone.expasy.org/1951

            Pokračujeme dále: Představíte si nějaké možné využití transkripčních továren v praxi? Nějaký návrh?

            • #24585 Odpovědět
              Michaela Jirků
              Host

              Transkripčními továrnami jsou právě droplety. Do transkripčních továren (dropletů) je aktivně přesouvána DNA, která má být přepisována. Jejich studium může podrobněji a přesněji popsat průběh transkripce. Droplety také koncentrují faktory potřebné k transkripci. Jejich využití je tedy hlavně pro přesnější popsání a potvrzení této hypotézy transkripce.

            • #24595 Odpovědět
              S. Mihulka
              Host

              Jasně. Napadlo by Vás jen obecně, využití dropletů např. v nanotechnologiích?

            • #24608 Odpovědět
              Michaela Jirků
              Host

              Mohly by se používat jako určité systémy, které pomůžou koncentrovat dané potřebné látky v jednom místě.

            • #24618 Odpovědět
              S. Mihulka
              Host

              Přesně. Jsou to vlastně takové přírodní nanomanufaktury, které bychom mohli využít např. ve vývoji umělých buněk, nanotováren apod.

              Ještě otázka: Co provádí lyzační, eluční, dialyzační a akvilibrační roztok?

            • #24643 Odpovědět
              Michaela Jirků
              Host

              Lyzační roztok rozkládá/rozbíjí buněčné stěny, cytoplazmatické membrány a denaturuje proteiny.
              Eluční roztok se používá na promývání.
              Dialyzační roztok se používá na čištění směsi s proteinem.
              Ekvilibrační roztok slouží k tomu, aby si látka zvykla na dané prostředí, ve kterém je.

            • #24661 Odpovědět
              S. Mihulka
              Host

              Děkuji moc za odpovědi, jen bych upřesnil, že eluční roztok je spíše uvolnění vzorku, než promývání ve smyslu odstraňování nečistot.

              Hodnocení práce najdete za moment v tomto vláknu.
              Na to již není třeba reagovat.

              Přeji pěkný den,
              Stanislav Mihulka

      • #24664 Odpovědět
        S. Mihulka
        Host

        Hodnocení:

        1. Přehledně a vysoce odborným jazykem sepsaná práce se věnuje pozoruhodnému tématu prostorového uspořádání buněčných mechanismů a procesů. O těchto věcech toho stále víme je velmi málo. Autorka prokazuje svoji zkušenost s prací v laboratoři i s použitím pokročilých metod výzkumu i zpracování dat.

        2. Úvod do problematiky není zbytečně upovídaný a seznamuje čtenáře práce s problematikou dropletů a molekulárních mechanismů doprovázejících stěžejní molekulu. Metodika by mohla být zpracována kompaktněji a s důrazem na srozumitelnost. Diskuze se poněkud vyhýbá konfrontacím s literaturou. Autorka by také měla věnovat větší péči propojení vyřčených cílů práce se závěrem, který by měl na tyto cíle reagovat.

        • #24673 Odpovědět
          Michaela Jirků
          Host

          Moc děkuji za hodnocení a otázky k obhajobě.

          Přeji krásný den!

          Michaela Jirků

    • #24246 Odpovědět
      Lea Abrtová
      Host

      Největším problémem geometrické morfometrie může být chybné vyhodnocení dat a jejich následná deformace. Dalším problémem však můžou být i tzv. chybějící data, kdy nejsou landmarky správně naneseny na anatomické struktury.

      • #24270 Odpovědět
        Roman Fuchs
        Host

        Vyhodnocení bych nechal stranou, za to můžou z většiny autoři programů. Zkusím napovědět. Práce s „celými zvířaty“ je obtížnější než s jejich kostrami.

    • #24322 Odpovědět
      Lea Abrtová
      Host

      Ošetřeno vše bylo pomocí klasické morfometrie dvouvýběrovým nepárovým t testem

      • #24462 Odpovědět
        Roman Fuchs
        Host

        Nejsem si jist, na kterou otázku odpovídáte. Jestli na tu druhou, asi jste mě nepochopila. Předpokládám, že ženský obličej je v průměru menší než mužský, protože ženy jsou v průměru celkově menší. Pak by i dílčí rozměry měly být u žen obecně menší. To je nutno při výpočtu nějak ošetřit. A mě zajímá, jak.

    • #24552 Odpovědět
      Lea Abrtová
      Host

      Ano, při výpočtu museli být jednotlivé skupiny rozděleny a vyhodnoceny zvlášť. Nadále se jednotlivé výsledky obou skupin hodnotily mezi sebou

    • #24617 Odpovědět
      Lea Abrtová
      Host

      Omlouvám, měla jsem technické problémy, všechny odpovědi jsem sepsala výše.

Aktuálně je na stránce zobrazeno 21 vláken odpovědí
Odpověď na téma: 42. CP SOČ online – obor 04 biologie
Informace o uživateli: