Odpověď na téma: 42-kraj Praha-obor 3

[Dajana Kolářová]

Dobrý den vážená poroto a milí soutěžící,
Děkuji za zajímavé dotazy. Doufám, že moje odpovědi budou dostačující.
1) Pufr jsem připravovala vždy podle tabulky. Následně jsem upravovala experimentálně pH pomocí měření pH metrem. Pro kyselé pH bylo použito pár kapek HCl do chtěného pH, pro zásadité pH jsem naopak použila NaOH.
2) Miska vypadá tak, že je rozdělena na 96 částí. Každá část má 3 různé jamky pro různé koncentrace a jednu větší jako rezervoár, který je trochu níž. Difunduje to tedy směrem nahoru s tím, že je miska zalepena folii a tudíž může dojít k interakci a následné krystalizaci. Srážedlo chemicky je v každé podmínce různé, protože byly použity 2 komerční sady ( JCSG Core 1 Suite a Morpheus) k větší probablitě nalezení správné podmínky.
3) Krystalizovala jsem dva různé kontrukty nazvané MAPP a MA5PP. V práci jsou zmíněné v uvodu, anotaci a ve výsledkách. S tím, že MAPP jsem připravila myristoylovaný i nemyristoylovaný. Výsledná struktura byla pouze z jednoho. Je možné, že jsem omylem zaslala verzi s chybičkou v názvech. Díky karanténě jsem nemohla jet do práce pro tu poslední verzi. Nejsem si jistá, jestli jsem měla doma tu správnou, případně se omlouvám.
4) Jak vysvětluji ve videu, podle výsledků se nezobrazuje kus navazujícího fosfoproteinu, nejspíše, protože je protein prostorově neuspořádaný a vzniká tam stérická překážka. Zároven jsme zjistili, že absence myristové skupiny bere proteinu schopnost tvořit helix. To by mělo vysvětlit mé tvrzení a zároveň i proč se to dalo očekávat. U proteinové krystalizace je hodně neznámých a vlivů. Tudíž bez více informací si nedovolím více říct.
5) Ampicilin a kanamycin jsou antibiotika. Při tvorbě plazmidu kodujici sekvenci pro náš protein jsem přidala ještě kanamycinocou či ampiciminovou resistenci. Tudíž jsme mohli vyselektovat bakterie obsahující ten správný plazmid. Ampicilinová resistence byla zakódovaná v plazmidu pro tvorbu proteinu a kanamycinová k selekci bunek, když byly navíc myristoylované.
Komentáře:
Došlo k chybě během snahy o využití wordu, pořád se mi měnilo číslování. Omlouvám se. Správně je popisek v obrázku. Děkuji za všimnutí. Opravím to.
Došlo k chybě během mého psaní (nejsem češka, občas si smíchám češtinu a italštinu). Moc se omlouvám. Děkuji za všimnutí a opravím to.
Co se týká citací vkládala jsem je pomocí aplikace Mendeley, ve které mám všechny články. Mělo to generovat automaticky z databáze. Omlouvám se, nějak to napravím.

Nedostatky opravím a děkuji za možnost pokračovat aspoň takto online. Je to zábavná výzva. V laboratoři krystalizace stále probíhá, avšak začala jsem pracovat ještě na dalším projektu.